Browsing by Author "Bal, Salih Haldun"
Now showing 1 - 15 of 15
- Results Per Page
- Sort Options
Item Altered expressions of miR-1238-3p, miR-494, miR-6069, and miR-139-3p in the formation of chronic Brucellosis(Hindawi, 2016-07-31) Budak, Ferah; Bal, Salih Haldun; Tezcan, Gülçin; Akalın, Halis; Göral, Güher; Oral, Haluk Barbaros; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmünoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Klinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0003-0463-6818; 0000-0002-5956-8755; K-7285-2012; AAU-8952-2020; F-4657-2014; F-8554-2017; AAH-3843-2020; 6701913697; 57191480128; 25650627600; 57207553671; 6603453166; 7004498001Brucellosis is a zoonotic disease that is still endemic in developing countries. Despite early diagnosis and treatment of patients, chronic infections are seen in 10-30% of patients. In this study, we aimed to investigate the immunological factors that play roles in the transition of brucellosis from acute infection into chronic infection. Here, more than 2000 miRNAs were screened in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) of patients with acute or chronic brucellosis and healthy controls by using miRNA array, and the results of the miRNA array were validated through qRT-PCR. Findings were evaluated using GeneSpring GX (Agilent) 13.0 software and KEGG pathway analysis. Four miRNAs were expressed in the chronic group but were not expressed in acute and control groups. Among these miRNAs, the expression level of miR-1238-3p was increased while miR-494, miR-6069, and miR-1393p were decreased (p< 0.05, fold change > 2). These miRNAs have the potential to be markers for chronic cases. The differentially expressed miRNAs and their predicted target genes involved in endocytosis, regulation of actin cytoskeleton, MAPK signaling pathway, and cytokine-cytokine receptor interaction and its chemokine signaling pathway indicate their potential roles in chronic brucellosis and its progression. It is the first study of miRNA expression analysis of human PBMC to clarify the mechanism of inveteracy in brucellosis.Publication Effect of storage period of erythrocyte suspensions on the CD4 & CD8 T cells(Wiley, 2021-08-01) Bal, Salih Haldun; Kumaş, Levent Tufan; Cevhertaş, Laçin; Yılmaz, İzel; Ellergezen, Pınar Hız; Budak, Ferah; Heper, Yasemin; Göral, Güher; Oral, Haluk Barbaros; BAL, SALİH HALDUN; Kumaş, Levent Tufan; Cevhertaş, Laçin; Yılmaz, İzel; ELLERGEZEN, PINAR; BUDAK, FERAH; HEPER, YASEMİN; Göral, Güher; ORAL, HALUK BARBAROS; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Dr. Rasit Durusoy Kan Bankası.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmünoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Enstitüsü/Mikrobiyoloji-İmmünoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0003-2287-3569; 0000-0001-7625-9148; 0000-0003-0463-6818; F-4657-2014; IZP-9398-2023; K-7285-2012; JSK-9450-2023; KBR-5535-2024; FHB-1791-2022; FYD-1431-2022; CPH-1647-2022; CTY-9474-2022; JGX-8396-2023Item Effect of storage period of red blood cell suspensions on helper T-cell subpopulations(Simtipro Srl, 2018) Güvenç, Furkan; Bal, Salih Haldun; Kumaş, Levent Tufan; Budak, Ferah; Göral, Güher; Oral, Haluk Barbaros; Heper, Yasemin; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Dr. Raşit Durusoy Kan Bankası.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmünoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Enstitüsü/Mikrobiyoloji/İmmünoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-7625-9148; 0000-0003-0463-6818; HJY-9001-2023; F-4657-2014; AAH-6506-2021; K-7285-2012; 56191003300; 26665534000; 6701913697; 6603453166; 7004498001; 57191480128Background. The aim of this study was to investigate the immunological alterations that occur during the storage of erythrocyte suspensions which may lead to transfusion-related immunomodulation following allogeneic blood transfusion. Materials and methods. One part of the erythrocyte suspensions obtained from donors was leucoreduced while the other part was not. The leucoreduced (LR) and non-leucoreduced (NL) erythrocyte suspensions were then further divided into three equal amounts which were stored for 0, 21 or 42 days prior to measurements, by enzyme-linked immunosorbent assays, of cytokine levels in their supernatants. T-helper (Th) lymphocyte subgroups and gene expression were analysed in the NL erythrocyte suspensions by flow cytometry and real-time polymerase chain reaction, respectively. Results were compared to those of storage day 0. Results. By day 21, the number of Th2 cells had increased significantly and the numbers of Th1, Th22 and Treg cells had decreased significantly in the NL erythrocyte suspensions. On day 42 the numbers of Th2 and Treg cells in the NL suspensions were significantly increased while the number of Th1 cells was significantly decreased. The levels of transcription factors (TBX21, GATA3, and SPI.1) were significantly decreased on days 21 and 42, and AHR, FOXP3 and RORC2 levels were significantly increased on day 42 in NL erythrocyte suspensions. The decrease in interleukin-22 and increase in transforming growth factor-beta levels found in NL erythrocyte suspensions on day 21 were statistically significant. Elevated levels of interleukin-17A were found in both LR and NL erythrocyte suspensions on day 42. Discussion. Our results suggest that allogeneic leucocytes and cytokines may play significant roles in the development of transfusion-related immunomodulation.Item Eritrosit süspansiyonlarında depolanma sürecinin T hücre alt grupları üzerine etkisi(Uludağ Üniversitesi, 2015) Bal, Salih Haldun; Oral, Haluk Barbaros; Uludağ Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Enstitüsü/Mikrobiyoloji Anabilim Dalı/İmmünoloji Bilim Dalı.Allojeneik kan transfüzyonu komplikasyonu olan Transfüzyon İlişkili İmmün Modülasyonun (TRIM), allojeneik lökositlerden kaynaklandığı düşünülmektedir. Bu çalışma ile TRIM mekanizmalarına yönelik yeni bilgiler elde etmek amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: 10 bağışçıdan sağlanan tam kanlar eritrosit süspansiyonuna (ES) dönüştürüldükten sonra eşit iki bölüme ayrılarak bölümlerden birisi lökosit filtresinden geçirildi. Elde edilen lökositi azaltılmış (LA-ES) ve azaltılmamış (normal) ES'ler (N-ES) üç eşit parçaya ayrılarak 0, 21, ve 42 depo günleri için örnekler oluşturuldu. Bu örneklerin süpernatanlarında, ELISA yöntemi ile IL-4, IL-6, IL-8, IL-9, IL-10, IL-13, IL-17, IL-22, TNF-α, TGF-β, IFN-γ düzeyleri ölçüldü. N-ES'lerde Th1, Th2, Th9, Th17, Th22, Treg hücreleri flow-sitometrik olarak hücre içi sitokin ekspresyonlarına göre araştırıldı. N-ES'lerde T hücre alt gruplarına ait transkripsiyon faktörleri T-bet, GATA3, PU.1, RORC2, AHR ve FoxP3 Real-Time PCR yöntemiyle araştırıldı. BULGULAR: Hücre içi sitokinlerden TNF-α, IL-4 ve IL-5 düzeylerinin 21. günde arttığı; IFN-γ, IL-22 ve Foxp3 düzeylerinin azaldığı; CD4+CD25+CD127- hücrelerin arttığı; transkripsiyon faktörlerinden TBX21, GATA3 ve SPI.1 düzeylerinin azaldığı; N-ES süpernatanında IL-22 düzeylerinin azaldığı ve TGF-β düzeylerinin arttığı saptandı (p<0,05). Hücre içi sitokinlerden TNF-α, IL-4, IL-5 ve IL-17A düzeylerinin 42. günde arttığı; IFN-γ düzeylerinin azaldığı; CD4+CD25+CD127- hücrelerin arttığı; transkripsiyon faktörlerinden AHR, FOXP3 ve RORC2 düzeylerinin arttığı; LA-ES süpernatanında IL-17A düzeylerin arttığı saptandı (p<0,05). Aynı gün N-ES örneklerinde belirlenen TGF-β düzeylerindeki artış sınırda anlamlı bulundu (p=0,051). TARTIŞMA VE SONUÇ: Depolanma sürecinde N-ES'ler içinde aktivite kazanan Th2 (21. ve 42. günler), Th17 ve Treg (42. günler) hücreler ile süpernatanda biriken TGF-β TRIM fenomenine katkı sağlıyor olabilirler. Ancak TRIM etkisinin sadece N-ES'lerle değil, LA-ES'lerle de oluştuğunun düşünülmesi, lökosit dışı etkenlerin de TRIM mekanizmasında rol oynadığını ve yeni çalışmalara gerek olduğunu düşündürmektedir.Publication Eritrosit süspansiyonlarının depolanma koşullarının T hücre canlılığı ve proliferasyonu üzerindeki etkisi(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2023-08-24) Yılmaz, Hakan; Bal, Salih Haldun; Ermiş, Diğdem Yöyen; Arslan, Gözde; Özbey, Fatma Dombaz; Kumaş, Levent Tufan; Heper, Yasemin; Oral , Barbaros; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmünoloji Anabilim Dalı; Bursa Uludağ Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Enstitüsü/Tıp-İmmünoloji Anabilim Dalı; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Dr. Raşit Durusoy Kan Merkezi; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı; 0000-0002-6684-8675; 0000-0002-6735-2305; 0000-0001-5871-8769; 0000-0001-7225-0138; 0000-0001-7288-3250; 0000-0002-3947-0013; 0000-0002-6635-5416; 0000-0003-0463-6818Önemli transfüzyon komplikasyonlardan biri olan transfüzyonla ilişkili immün düzenlenme (TRIM), allojeneik kan transfüzyonunun (AKT) alıcının immün sisteminde yol açtığı değişiklikler olarak tanımlanabilir. En çok suçlanan etken, kan bileşeni içindeki mononükleer (MNH) hücrelerdir. Bu nedenle çalışmamızda eritrosit süspansiyonları (ES) içindeki T hücreler (CD3+CD4+ ve CD3+CD8+) hedeflenmiş, depolama koşullarının etkisiyle canlılık, proliferasyon ve aktivasyon düzeylerindeki değişimler incelenmiştir. Bu amaçla, üç adet kan bağışçısından alınan tam kanlardan ES’ler elde edilmiştir. Her kan bileşeninden tam kan örneği (5. saat) ve ES örnekleri (0, 7, 14, 21, 42. gün) elde edilmiştir. Ayrıca bağışçıdan bağış öncesi EDTA’lı tüplere alınan iki adet örnek de çalışmaya katılmıştır. Analizler bu örneklerden ayrıştırılan MNH kullanılarak yapılmıştır. Canlılık analizleri doğrudan MNH’ler, proliferasyon ve aktivasyon analizleri MNH kültürleri aracılığıyla akan hücre ölçerde gerçekleştirilmiştir. Canlılık düzeylerinin depolama süresi ortalarında azalmaya başladığı, 42. gün ES örneklerinde hemen tamamen yok olduğu belirlenmiştir. T hücrelerin proliferasyon becerisi daha erken azalmış ve 21. gün ES örneklerinde kaybolmuştur. Aktivasyon belirteci düzeyleri MNH kültürünün sıfırıncı saatlerine göre 16 ve 72 saatlerde artış göstermiştir. Ayrıca bağışçıların yaşlarına göre de sonuçlarda belirgin farklılıklar gözlemlenmiştir. Sonuç olarak ES depolama süresi ve koşullarının etkisiyle ürün içindeki T lenfositlerin canlılığı ve proliferasyon becerileri azalmaktadır. Bu sonuçlar allojeneik T lenfositlerin TRIM gelişimiyle ilişkilerinin düşük olabileceğini; T lenfosit aktivasyon kapasitelerinin ES’den uzaklaştıklarında artmış göstermesi eritrositlerin baskılayıcı özellik gösterebildiğini; TRIM gelişiminde bağışçı ve hasta yaşı gibi demografik parametrelerin de rol oynayabileceğini düşündürmektedir.Publication Evaluation of indoleamine 2, 3 dioxygenase (IDO) gene polymorphisms in COVID-19(Wiley, 2021-08-01) Karaca, Mert; Arslan, Gözde; Ermiş, Diğdem Yöyen; Bal, Salih Haldun; Uzaslan, Esra Kunt; Özkalemkaş, Fahir; Macunluoğlu, Aslı Ceren; Budak, Ferah; Akalın, Halis; Oral, Haluk Barbaros; KARACA, MERT; Arslan, Gözde; YÖYEN ERMİŞ, DİĞDEM; BAL, SALİH HALDUN; Uzaslan, Esra Kunt; ÖZKALEMKAŞ, FAHİR; Macunluoğlu, Aslı Ceren; BUDAK, FERAH; AKALIN, EMİN HALİS; ORAL, HALUK BARBAROS; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmunoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Göğüs Hastalıkları Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İç Hastalıkları Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Biostatik Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0002-6802-5998; 0000-0001-7625-9148; 0000-0001-7530-1279; 0000-0003-0463-6818; 0000-0002-6802-5998; 0000-0001-6711-676X; IZP-9398-2023; AAU-8952-2020; K-7285-2012; F-4657-2014; JFS-2013-2023; AAG-7406-2021; GYL-2038-2022; KBR-5535-2024; AAI-1004-2021; JLE-5241-2023; GBP-6589-2022Item Genomik, proteomik kavramlarına genel bakış ve uygulama alanları(Uludağ Üniversitesi, 2013) Bal, Salih Haldun; Budak, Ferah; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Dr. Raşit DURUSOY Kan Merkezi.; Uludağ Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Enstitüsü/Mikrobiyoloji Anabilim Dalı/İmmünoloji Bilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı/İmmünoloji Bilim Dalı.Genomik, genom ve genlerle ilgili bilginin açıklanmasına yönelik yapılan çalışmalardır. Genomik çalışmalarda, bir hücre veya dokunun tüm genleri, topluca değerlendirilmekte ve yorumlanmaktadır. Bunun için güçlü bir biyoinformatif desteğe ihtiyaç duyulmaktadır. Genomik çalışmalar, yapısal ve fonksiyonel olmak üzere iki grupta incelenmektedir. Yapısal genomik, organizmanın genetik bilgilerinin ortaya çıkar tılmasını sağlamaktadır. Ama genlerin fonksiyonları ile ilgili bilgi vermez. Fonksiyonel genomik, genlerin fonksiyonlarının öğrenilmesinin yanı sıra, organizma açısından önemlerinin anlaşılmasına aracılık eder. Ancak, genomik bilgi proteinlerle ilgili bilgi ile desteklenmelidir. Proteinler ile ilgiliyi bilgiyi topluca sağlamayı amaçlayan disipline ise proteomik denmektedir. Proteomik, proteomun yapı, yerleşim, miktar, diğer moleküllerle olan etkileşim vb özelliklerinin incelenmesini sağlar ve biyoinformatif desteğe ihtiyaç duyar. Proteinler çeşitli özelliklerinden dolayı genler kadar kolay çalışılmasa da, genomik ve proteomik, tıp ve tıp dışı birçok alanda, çeşitli amaçlarla kullanılmaktadır. Bu derleme ile genomik ve proteomik çalışmalar hakkında farkındalık oluşturmak amaçlanmıştır. Aynı zamanda geleneksel biyokimyasal-genetik yöntemler ile farklılıkları da vurgulanmak istenmiştir.Publication Impact of Storage Period on CD4+/CD8+ T Lymphocyte Ratio in Erythrocyte Suspensions(Turkish Soc Immunology, 2020-01-01) Bal, Salih Haldun; BAL, SALİH HALDUN; Kumaş, Levent Tufan; Heper, Yasemin; HEPER, YASEMİN; Budak, Ferah; BUDAK, FERAH; Göral, Guher; Can, Fatma Ezgi; Oral, Haluk Barbaros; ORAL, HALUK BARBAROS; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmunoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/BioistatistikAnabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-7625-9148; 0000-0003-0463-6818; JSL-7718-2023; HJY-9001-2023; K-7285-2012; F-4657-2014; AAH-6506-2021; IZP-9398-2023Introduction: Some immunologic changes in the recipient derived by allogeneic blood transfusion (ABT) are called Transfusion Related Immune Modulation (TRIM). Despite the exact mechanisms of these changes are not known, it is thought that ABT causes a decrease of CD4/CD8 ratio in the recipient. This study aimed to determine the CD4/CD8 ratio in stored erythrocyte suspensions (ES) and to obtain new information about TRIM mechanisms.Materials and Methods: Whole blood components used in our study were collected from 10 healthy volunteers. ES' obtained from whole blood were divided into three equal aliquots. Test samples which were related to 0th, 21st and 42nd storage days were prepared from these aliquots. CD3, CD4 and CD8 surface markers in peripheral blood mononuclear cells were investigated with flow-cytometer in these test samples.Results: Our data were evaluated according to storage days. Decrease of CD3 (p=0,001), CD4 (p<0,001), CD8 (p=0,012) expressing mononuclear blood cells and helper T cells in 21st-day samples, CD4 (p=0,035) and CD8 (p=0,017) expressing cells in 42nd-day samples compared to Day 0 samples and increase of CD3 (p=0,027) expressing cells in 42nd-day samples compared to 21st-day samples were found statistically significant.Conclusion: In our study, we did not find any significant change in the ratio of CD4(+)/CD8(+) cells in ES. Detailed studies can help us to obtain more comprehensive knowledge on this field.Item İzole anti-HBc pozitif olgularda HBV-DNA varlığının araştırılması ve bu olgularon kan bankacılığı açısından önemi(Ankara Mikrobioloji Derneği, 2009-04) Heper, Yasemin; Bal, Salih Haldun; Mıstık, Reşit; Töre, Okan; Kumaş, Levent Tufan; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Dr. Raşit Durusoy Kan Merkezi.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Dr. Raşit Durusoy Kan Merkezi/Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; AAH-6506-2021; 57191480128; 56191003300; 26665534000; 6602564624; 6505909596Hepatit B virusu (HBV)’nun transfüzyonla geçişi günümüzde önemli ölçüde azalmış olsa da transfüzyon tıbbının en önemli sorunlarından birisi olmaya devam etmektedir. Yapılan çalışmalar, HBsAg negatif donörlerden yapılan transfüzyonlar ile HBV bulaşı olabildiğini göstermektedir. Bu çalışmada, HBsAg negatif kan donörü serumlarında anti-HBc, anti-HBs ve HBV-DNA pozitifliklerinin araştırılması ve ülkemizde uygulanmakta olan donör tarama testlerinde bir düzenlemenin gerekip gerekmediği konusundaki tartışmalara ışık tutacak bir veri oluşturulması amaçlanmıştır. Çalışmaya HBsAg negatif 9282 kan bağışçısının serumu dahil edilmiş; HBsAg, anti-HBc ve anti-HBs testleri ticari ELISA kitleriyle (Orto-Clinical Diagnostics, Vitros, Brezilya), HBV-DNA testi ise gerçek zamanlı PCR (QIAGEN, Artus 3000, Almanya) yöntemiyle çalışılmıştır. Çalışmamızda HBsAg negatif donörlerin %18 (1679/9282)’i anti-HBc pozitif bulunmuş; bunların 1504 tanesinde anti-HBs çalışılmış ve 225 (%15)’i negatif olarak saptanmıştır. İzole anti-HBc pozitif olan (HBsAg negatif, anti-HBc pozitif, anti-HBs negatif) 225 serumun 218’inde HBV-DNA araştırılmış ve 1 (%0.45)’inde pozitiflik belirlenmiştir. Serum yetersizliği nedeniyle çalışılamayan örnekler değerlendirme dışı bırakılarak, sonuçlar toplu olarak irdelendiğinde, bölgemizdeki kan bağışçılarının %2.5 (225/9107)’inde izole anti-HBc pozitifliği ve %0.011 (1/9100)’inde HBsAg negatifliğine rağmen HBVDNA pozitifliği bulunduğu saptanmıştır. Bu durumda, yılda ortalama 21.000 kan bağışı yapılan merkezimizde HBsAg negatif bağışçılar aracılığıyla HBV bulaşı 2.3 hasta/yıl olarak hesaplanabilir. Sonuç olarak kan bankalarında rutin HBsAg taramalarına rağmen düşük oranda da olsa HBV-DNA pozitifliği nedeniyle HBV geçişi olabileceği unutulmamalıdırItem İzole Anti-HBc total pozitif olgularda Real-Time PCR yöntemi ile HBV-DNA arastırılması ve bu olguların Kan Bankacılıgı açısından önemi(Uludağ Üniversitesi, 2006) Bal, Salih Haldun; Heper, Yasemin; Uludağ Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Enstitüsü/Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.Hepatit B virüsü (HBV)'nün transfüzyonla geçişi günümüzde azalmış olsa da halentransfüzyon tıbbının en önemli sorunlarından biridir. Bu geçişi önlemek amacıyla tümdonörlerde HBsAg taranmakta, ancak bu uygulama HBV enfeksiyonunun doğal seyrinin özellikleri nedeniyle yetersiz kalabilmektedir. Yapılan çeşitli çalışmalar HBsAg'nin negatif olduğu donörlerden yapılan transfüzyonlarda da hepatit Bvirusunun bulaşabildiğini göstermektedir. Bu durumun önüne geçebilmek amacıyla donörlerde ALT bakılması, donör kanlarından hazırlanan havuzlarda Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile HBV-DNA bakılması gibi yöntemlerin etkinliği araştırılmıştır.Bazı çalışmalarda HBsAg negatif olgularda anti-HBc düzeylerine bakılmış, anti-HBc'nin pozitif bulunduğu olgularda da Nükleer Amplifikasyon Tekniği (NAT)yöntemiyle virüsün varlığı gösterilmiştir. Bu çalışma ile amacımız bölgemizde HBsAg negatif, anti-HBc pozitif olan olgularda HBV-DNA pozitifliği oranını saptamak ve kan bankacılığı açısından önemini incelemektir.Bu amaçla, HBsAg negatif bulunmuş olan tüm donör örneklerinde anti-HBc total çalışılmış, anti-HBc total pozitif örneklerde, anti-HBs çalışılmış ve anti-HBs-pozitif örnekler çalışma dışı bırakılmıştır. HBsAg negatif, anti-HBc total pozitif, anti-HBs negatif bulunan örneklerde Real-Time PCR yöntemi ile HBV-DNA araştırılmıştır.Bu çalışmada, 9282 HBsAg negatif donör serumu kullanılmış, % 2,7'sinde izoleanti-HBc total pozitif bulunmuştur. HBsAg negatif donörlerden alınan, izole anti-HBctotal pozitif serumların % 0,45'ünde, toplamın ise % 0,012'sinde HBV-DNA tespit edilmiştir.Bu da 8333 transfüzyonda 1 kişiye rutin tarama testlerine rağmen bulaşabileceğini göstermektedir.Item The microRNA expression signature of CD4+ T cells in the transition of brucellosis into chronicity(Public Library of Science, 2018-05-23) Tezcan, Gülçin; Yılmaz, Abdullah; Budak, Ferah; Bal, Salih Haldun; Akalın, Emin Halis; Hız, Pınar; Oral, Haluk Barbaros; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmünoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0003-0463-6818; F-4657-2014; AAU-8952-2020; K-7285-2012; HJY-9001-2023; EZA-7505-2022; 6701913697; 57191480128; 57202649131; 57202644074; 7004498001Brucellosis is a serious infectious disease that continues to be a significant cause of morbidity worldwide and across all ages. Despite early diagnosis and treatment, 10-30% of patients develop chronic brucellosis. Although there have been recent advances in our knowledge of Brucella virulence factors and hosts' immune response to the infection, there is a lack of clear data regarding how the infection bypasses the immune system and becomes chronic. The present study investigated immunological factors and their roles in the transition of brucellosis from an acute to a chronic infection in CD4+T cells. CD4+T cells sorted from peripheral blood samples of patients with acute or chronic brucellosis and healthy controls using flow cytometry as well as more than 2000 miRNAs were screened using the GeneSpring GX (Agilent) 13.0 miRNA microarray software and were validated using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR). Compared to acute cases, the expression levels of 28 miRNAs were significantly altered in chronic cases. Apart from one miRNA (miR-4649-3p), 27 miRNAs were not expressed in the acute cases (p <0.05, fold change> 2). According to KEGG pathway analysis, these miRNAs are involved in the regulation of target genes that were previously involved in the MAPK signalling pathway, regulation of the actin cytoskeleton, endocytosis, and protein processing in the endoplasmic reticulum. This indicates the potential role of these miRNAs in the development of chronic brucellosis. We suggest that these miRNAs can be used as markers to determine the transition of the disease into chronicity. This is the first study of miRNA expression that analyses human CD4+T cells to clarify the mechanism of chronicity in brucellosis.Item Mikroarray teknolojisi(Uludağ Üniversitesi, 2012-10-31) Bal, Salih Haldun; Budak, Ferah; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Kan Merkezi.; Uludağ Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Enstitüsü/Mikrobiyoloji Anabilim Dalı/İmmünoloji Bilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı/İmmünoloji Bilim Dalı.Mikroarray teknolojisi, mikroskop lamı gibi cam, plastik veya silikondan yapılmış katı bir yüzey üzerine cDNA, protein gibi yapıların sabitlenmesi ile elde edilen mikroarraylerin kullanıldığı bir yöntemdir. Yüzeye sabitlenen yapının türüne göre DNA mikroarray ve protein mikroarray isimlerini alır. Yüksek verimli teknoloji olarak kabul edilen bu yöntem ile bir deneyde çok büyük miktarda veri elde edilebilir. Örneğin DNA mikroarray ile tek bir deneyde insan genomunun tamamı analiz edilebilir. Elde edilen büyük miktardaki verinin değerlendirilebilmesi için biyoinformatik desteğe ve yüksek istatistiksel yöntemlere gerek duyulur. Bugün bazı kısıtlılıkları bulunsa da, gelecekte paha biçilmez bir değere sahip olacaktır. Bu derlemenin amacı gelişmekte olan bu yönteme dikkat çekmektir.Item Roles of novel IL-1 family (IL-36, IL-37, and IL-38) members in chronic brucellosis(Academic Press, 2020-11) Demir, Nesrin; Çağan, Eren; Hız, Pınar; Kanbur, Ertan; Akalın, Halis; Pashazadeh, Mehrdat; Bal, Salih Haldun; Oral, Haluk Barbaros; Budak, Ferah; Tezcan, Gülçin; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Diş Hekimliği Fakültesi/Temel Bilimler Bölümü/Temel Bilimler Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Temel Tıp Bilimleri/İmmünoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-8399-8942; 0000-0003-0463-6818; 0000-0001-7625-9148; 0000-0002-5956-8755; EZA-7505-2022; AAU-8952-2020; DLI-4479-2022; HJY-9001-2023; K-7285-2012; F-4657-2014; AAH-3843-2020; 57189853087; 57218292727; 57207553671; 48461762300; 57191480128; 7004498001; 6701913697; 25650627600The secretion of interleukin (IL)-1 family cytokines is one of the most potent and earliest pro-inflammatory responses triggered by brucellosis. However, the roles of the most recently discovered IL-1 family members, IL-36, IL-37, and IL-38, in the transition into the chronic form of brucellos is remain largely unknown. Therefore, in this study, the roles of IL-36, IL-37, and IL-38 in brucella infections and their effects on the transition from the acute to chronic form of the disease were investigated. Using peripheral blood samples from 40 patients with acute brucellosis, 40 patients with chronic brucellosis, and 40 healthy control subjects, we analysed the serum concentrations of secreted IL-36, IL-37, and IL-38 using ELISA. The findings were confirmed by using RT-qPCR to analyse the mRNA levels of the genes encoding IL-36, IL-37, and IL-38 in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from 10 randomly selected patients from each of the three groups. Our results showed that serum IL-37 (p < 0.001) and IL-38 (p < 0.001) concentrations were lower in patients with brucellosis than in the healthy controls. In addition, serum IL-37 and IL-38 concentrations were higher in the chronic patient group than in the acute patient group. The mRNA expression levels of IL-37 and IL1F10, genes that encode IL-38, did not affect serum cytokine secretion levels. This result suggests that the high secretion levels of IL-37 and IL-38 may be related to the progression into the chronic form of brucellosis. Our findings will aid in clarifying the mechanism of the transition of brucellosis from the acute to the chronic form of the disease.Publication The distribution of mature and/or immature myeloid cells and their role in effective anti-viral immune responses in COVID-19 positive patients(Wiley, 2021-08-01) Ermiş, Diğdem Yöyen; Dömbaz, Fatma; Karaçay, Mehmet; Etgü, Onur; Kızmaz, Muhammed Ali; Şimşek, Abdurrahman; Çağan, Eren; Aşan, Ali; Yılmaz, Emel; Kazak, Esra; Pınar, İbrahim Ethem; Bal, Salih Haldun; Arslan, Gözde; Karaca, Mert; Özkocaman, Vildan; Özkalemtaş, Fahir; Akalın, Emin Halis; Budak, Ferah; Oral, Haluk Barbaros; YÖYEN ERMİŞ, DİĞDEM; Dombaz, Fatma; Karaçay, Mehmet; Etgü, Onur; Kızmaz, Muhammed Ali; ŞİMŞEK, ABDURRAHMAN; YILMAZ, EMEL; KAZAK, ESRA; PINAR, İBRAHİM ETHEM; BAL, SALİH HALDUN; Arslan, Gözde; KARACA, MERT; ÖZKOCAMAN, VİLDAN; Özkalemtaş, Fahir; AKALIN, EMİN HALİS; BUDAK, FERAH; ORAL, HALUK BARBAROS; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmünoloji Ana Bilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Enstitüsü.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Rasit Durusoy Kan Bankası.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Hemotoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-7288-3250; 0000-0001-5334-7911; 0000-0001-8850-0269; 0000-0002-8856-7356; 0000-0003-1785-3539; 0000-0001-7530-1279; 0000-0001-7625-9148; 0000-0003-0463-6818; KHE-5423-2024; AAU-8952-2020; HKN-2347-2023; JGM-6601-2023; JFS-2013-2023; AAG-7381-2021; K-7285-2012; IZP-9398-2023; F-4657-2014; JWP-2738-2024; GYL-2038-2022; DWR-5356-2022; CXY-4200-2022; CPT-2053-2022; GDP-0005-2022; AAG-8459-2021; FQJ-3657-2022; FQG-8981-2022Publication The impact of gamma irradiation on exosome profiles and electrolyte levels in apheresis platelet concentrates(Wiley, 2021-08-01) Bal, Salih Haldun; Karaçay, Mehmet; Kızmaz, Muhammed Ali; Kumaş, Levent Tufan; Can, Fatma Ezgi; Gülkaya, Deniz Koşay; Ermiş, Diğdem Yöyen; Budak, Ferah; Heper, Yasemin; Oral, Haluk Barbaros; BAL, SALİH HALDUN; Karaçay, Mehmet; Kızmaz, Muhammed Ali; Kumaş, Levent Tufan; Can, Fatma Ezgi; Gülkaya, Deniz Koşay; YÖYEN ERMİŞ, DİĞDEM; BUDAK, FERAH; HEPER, YASEMİN; ORAL, HALUK BARBAROS; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Dr. Raşit Durusoy Kan Bankası.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmunoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Bioistatistik Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-5334-7911; 0000-0001-7625-9148; 0000-0003-0463-6818; JSL-7718-2023; HKN-2347-2023; K-7285-2012; F-4657-2014; IZP-9398-2023; KBR-5535-2024; JHB-7829-2023; FHB-1791-2022; CSL-9726-2022; GYL-2038-2022; HOK-0035-2023; CTY-9474-2022