Browsing by Author "Demirkan, Elif"
Now showing 1 - 20 of 39
- Results Per Page
- Sort Options
Item Alginat kapsüllerinde tutuklanan Bacillus amyloliquefaciens α-amilaz enziminin farklı nişasta kaynaklarını hidrolizleme yeteneğinin araştırılması(Uludağ Üniversitesi, 2009) Dinçbaş, Serhan; Demirkan, Elif; Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Biyoloji Anabilim Dalı.Bu çalışmada Bacillus amyloliquefaciens kaynaklı -amilaz enzimi kalsiyum alginat kapsüllerinde immobilize edilmiştir. Serbest (immobilize edilmemiş) ve immobilize enzimin farklı nişasta kaynakları (çözünür (Merck) ve patates, mısır, buğday, pirinç gibi lokal marketlerden satın alınan ticari nişastalar) üzerindeki hidroliz yetenekleri araştırılmıştır. Enzim immobilizasyonu %2 alginat ve %5 CaCI2 varlığında gerçekleştirilmiştir. İmmobilizasyon verimi yaklaşık %89 olarak saptanmıştır. Her iki enzim formunun kullanılan nişasta kaynaklarını benzer bir tarzda parçaladıkları görüldü. İmmobilize enzimin sırasıyla ticari patates>çözünür patates> tic. buğday>tic. mısır>tic. pirinç şeklinde hidroliz ettikleri, serbest enzimin ise sırasıyla ticari patates>çözünür patates>tic. mısır>tic. buğday>tic. pirinç nişastalarını en iyi parçaladıkları saptanmıştır. Nişastaların düşük ve yüksek konsantrasyonlarında fazla bir aktivite saptanmamıştır. -amilazın immobilize ve serbest formunun sırasıyla %8 ve 10, %1 pirinç nişastası varlığında etki göstermediği belirlenmiştir. Serbest ve immobilize α-amilaz enzimlerinin sırasıyla, 50-600 C’ler arasındaki sıcaklıklarda ve 6.0-6.8 pH değerleri arasında optimum aktiviteye sahip oldukları tespit edilmiştir. İmmobilize enzim yüksek sıcaklıklarda serbest enzimden daha stabildi. α-amilaz enzim aktivitesi metal iyonlarına bağlı olduğundan, farklı metal iyonları kullanılarak bunların enzim aktivitesi üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Hiçbir metal iyonunun göreceli olarak fazla bir aktivite artışı göstermemelerine rağmen, göreceli olarak bir değerlendirme yapıldığında Mg+2 ‘un her iki enzim formu üzerinde stimülatör etki yaptığı, buna karşın Cu+2’nun inhibitör etkisi saptanmıştır. Diğer yandan, serbest enzimin Li+2, Ba+2, Mn+2 ve Ca+2 varlığında immobilize enzime kıyasla daha aktif olduğu belirlenmiştir. Her iki formdaki enzimlerin subtsrat parçalanma ürünlerini belirlemek üzere yapılan ince tabaka kromatografisi sonuçlarına göre, enzimlerin nişastaları az miktarda glukoza, büyük miktarda da maltoz olmak üzere maltooligosakkaritlere ayrıştırdığı tespit edilmiştir. Serbest ve immobilize enzimlerin nişasta parçalanma ürünleri sırasıyla, G2=G3>G1 ve G2=G3>G1>G4 olarak görülmüştür.Item Analysis by scanning electron microscopy of polyethylene terephthalate and nylon biodegradation abilities of Bacillus sp. strains isolated from soil(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2020-12-07) Demirkan, Elif; Güler, Baran Enes; Sevgi, Tuba; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü.Plastic pollution, the aggregation of synthetic plastic products in the environment generates serious problems for wildlife, habitats and the human population. Plastic accumulates at ocean, creating areas called the seventh continent, a mass of plastic garbage. Plastic wastes are disposed of by recycling, burying and incineration. However, these also have disadvantages. They are developing bioplastics as new solutions to plastic problems. Other alternative solutions may be microorganisms. Compared to other conventional technologies, it is extremely inexpensive and efficient in terms of cost and simplicity because it is based on the capabilities of microorganisms. In this study, we have reported the degradation abilities of B. subtilis and B. cereus strains on polyethylene terephthalate (PET, water bottle) and nylon (plastic bag). In the nylon medium with Bacillus subtilis ET18 and Bacillus cereus ET30 was observed red pigment formation. All bacteria showed biofilm formation in the presence of nylon. The surface morphology changes of the PET and nylon were determined by light microscope and SEM. The bacteria used in this study were found to biodegrade nylon more easily than PET. The activities of lipase, protease and α-amylase were determined. Among the enzymes, lipase was detected in the presence of both PET and nylon.Item Bir antimikrobiyal ajan olarak paraoksonaz1 (laktonaz) enziminin pseudomonas aerugınosa quorum sensıng ilişkili davranışlarına etkisinin incelenmesi(Uludağ Üniversitesi, 2014) Aybey, Aynur; Demirkan, Elif; Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Biyoloji Anabilim Dalı.Pseudomonas aeruginosa'da birçok virulans faktörü üretiminin düzenlenmesinde Quorum sensing (QS)'in rolü gösterilmiştir. P. aeruginosa'da yüksek antibiyotik direnci yeni tedavi seçenekleri arayışına yol açmış ve QS sisteminin inhibisyonu mercek altına alınmıştır. Bakterinin virulansında azalmaya yol açacak QS inhibitörü ajanların bulunması ile P. aeruginosa infeksiyonları tedavisinde yeni yaklaşımlar geliştirilebilir. Bu amaçla çalışmada, P. aeruginosa'da QS sinyal moleküllerini laktonaz aktivitesi ile hidroliz eden insan serum paraoksonaz 1 (hPON1) enzimi kullanılmıştır. hPON1 enzimi, amonyum sülfat çöktürmesi ve hidrofobik etkileşim kromatografisi (Sepharose 4B-L-tirozin-1-Naftilamin) yöntemleri kullanılarak saflaştırılmıştır. Saf enzim, SDS-poliakrilamid jel elektroforezi ile 43 kDa olan tek bir bant olarak saptanmıştır. 3 adet P. aeruginosa suşları büyüme eğrisi için değerlendirilmiş ve durağan faz süreleri tespit edilmiştir. Durağan fazdaki bakteri örnekleri hPON1 enziminin artan konsantrasyonu katılarak (0,1-10 mg/ml) üretilmiştir. Bu suşlar arasında, P. aeruginosa ATCC35032 üremesinin 2,5 mg/ml konsantrasyondan itibaren azaldığı bulunmuştur ve çalışmalara bu suş ile devam edilmiştir. Çalışmada, her bir davranış için farklı konsantrasyonlarda kullanılan hPON1 enziminin bakterinin virulans faktörlerini, hareketliliğini ve biyofilm oluşumunu azalttığı bulunmuştur. Ancak, hPON1 enzimi (0,1-10 mg/ml) virulans faktörlerinden elastaz ve LasA proteaz üzerine azaltıcı yönde bir etki göstermemiş, alkali proteaza karşı ise 0,1 mg/ml gibi düşük konsantrasyonda azaltıcı etkisi saptanmıştır. 0,3-5 mg/ml konsantrasyonları arasında piyosiyanin ve ramnolipid üretimlerinin 1,25 mg/ml'de önemli ölçüde azalmıştır. hPON1 enzimi (0,1-10 mg/ml), biyofilm oluşumu ve olgun biyofilmleri de 1 mg/ml'de %50 oranında azaltmıştır. Olgun biyofilmlerin EPS bileşenini yıkıma uğratmıştır. Enzimin 0,003-30 mg/ml konsantrasyonları arasında kayma, yüzme ve titreme hareketlerine azaltıcı etkisi düşük konsantrasyon olan 0,3 mg/ml'de oldukça yüksek olmuştur.Item Bacillus cereus ATA179 suşundan lipaz üretimini artırmak için UV mutajeneziyle suş geliştirme, besinsel optimizasyon, enzimin kısmi saflaştırılması, karakterizasyon ve deterjan endüstrisindeki potansiyeli(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2020-06-11) Irianto, Vichi Sicha; Demirkan, Elif; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Biyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-6588-0422Bu çalışmada, fiziksel mutajen UV ile muamele edilen Bacillus cereus ATA179 suşundan lipaz üreten 445 adet mutant elde edilmiştir. Maksimum lipaz üreten mutant suş seçilmiş ve Bacillus cereus EV4 olarak adlandırılmıştır. 24. saatte en yüksek enzim üretimi 10,6 U/ml ile elde edilmiştir. Bu mutant ana suştan %60 oranında daha fazla enzim üretmiştir. Besinsel optimizasyon çalışmalarında, en iyi karbon ve azot kaynakları sırasıyla sukroz (10,8 U/mL) ve (NH4)2HPO4 (15,3 U/mL), metal iyonu olarak CuSO4 (11 U/mL) saptanmıştır. Mutant EV4 besinsel koşulların optimize ederek yaratılan modifiye ortamda enzim üretiminde %32 artış göstermiştir. Kısmen saflaştırılmış enzimin optimum sıcaklık ve pH değerleri sırasıyla 60°C ve 7.0 olarak saptamıştır. Termostabilite çalışmalarında enzimin termostabil olduğunu tespit edilmiştir. CuSO4, CaCl2, LiSO4, KCl, BaCl2 ve Tween 20 enzim aktivitesi üzerine aktivatör etki yaptığı bulunmuştur. Vmax ve Km kinetik değerleri sırasıyla 17,36 U/mL ve 0,036 mM olarak saptanmıştır. Moleküler ağırlık yaklaşık 28,2 kDa bulunmuştur. Ham enzimin oda sıcaklığında 60 güne, +4ºC'de 75 güne, -20ºC'de 90 güne kadar aktivitesinin koruduğunu saptanmıştır. Enzimin deterjan sanayiinde potansiyel gücü araştırılmış ve enzimin deterjan katkı maddelerinden etkilenmediği ayrıca yağlı maddelerle kirletilmiş kumaşlarda yağın çıkarılmasında etkili olduğu saptanmıştır.Item Bacillus sp. suşlarından lipaz taranması, lipaz üretim koşullarının optimizasyonu, kısmi saflaştırılması, karakterizasyonu ve deterjan endüstrisindeki potansiyel uygulamaları(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2019-07-12) Abdou, Maoulida; Demirkan, Elif; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Biyoloji Anabilim Dalı.Bu çalışmada, 341 Bacillus sp. suşundan 141'i hücre dışı lipaz üreticisi olarak bulunmuştur. En iyi lipaz üreten suş 16S rRNA ile tanımlandı ve Bacillus cereus ATA179 olarak adlandırıldı. Fiziksel parametreler arasında en iyi sonuçlar 45 ° C, pH 7.0, çalkalama hızı 50 rpm, aşılama miktarı %7 ve aşılama yaşı 24 saat idi. En iyi karbon kaynağı olarak sükroz, en iyi nitrojen kaynağı olarak (NH4) 2HP04, en iyi metal iyonu olarak CaCl2 elde edildi. Fiziksel parametreler arasında en iyi sonuçlar 45 ° C, pH 7.0, çalkalama hızı 50 rpm, aşılama miktarı %7 ve aşılama yaşı 24 saat olarak belirlenmiştir. ATA179 suşu, besinsel ve fiziksel koşulları optimize ederek yaratılan modifiye ortamda enzim üretiminde %51,1 artış göstermiştir. Kısmen saflaştırılmış enzimin optimum sıcaklığı ve pH değeri, sırasıyla 55 ° C ve 6.0 idi. Termostabilite ve pH stabilite çalışmaları, enzimin termostabil ve asidofilik olduğunu göstermiştir. CaCl2, Tween 20, Triton X-100, enzim aktivitesi üzerinde aktifleştirici bir etkiye sahipti. Vmax ve Km kinetik değerleri sırasıyla 18,28 U / ml ve 0,11 mM olarak bulunmuştur. Moleküler ağırlık yaklaşık 47 kDa olarak belirlenmiştir. Enzim aktivitesinin -20ºC'de 75 güne kadar stabil kaldığı bulunmuştur. Enzimin deterjan sanayiinde potansiyel gücü araştırılmış ve enzimin deterjan katkı maddelerinden etkilenmediği ayrıca yağlı maddelerle kirletilmiş kumaşlarda yağın çıkarılmasında etkili olduğu saptanmıştır. ATA179 bakterilerinin lipazı deterjan endüstrisinde kullanılma potansiyeline sahip olabilir.Item Bacillus subtilis α-amilaz enziminin nişasta granüllerine etkisinin taramalı elektron mikroskobu ile incelenmesi(Uludağ Üniversitesi, 2009) Demirkan, Elif; Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü.Bacillus subtilis α-amilazının bitkisel kaynaklı çeşitli nişasta granülleri (patates, buğday, pirinç ve mısır) üzerindeki hidroliz etkisi taramalı elektron mikroskobu kullanılarak incelenmiştir. Amilaz ile muamele edilmemiş patates, buğday ve pirinç granüllerinin yüzeylerinin düzgün ya da hafif pürüzlü olduğu, mısır granüllerinin yüzeyinde küçük görünür porlara sahip olduğu gözlenmiştir. Granüller çok ya da daha az hasara sahipti. Patates sentrifugal tip çevresel parçalanma gösterirken, mısır, buğday ve pirinç granülleri sentipental tip parçalanma göstermiştir. Taramalı elektron mikroskop sonuçları enzimatik hidrolizin esasen mısır, buğday ve pirinç granüllerinin yüzeyinde meydana geldiğini ve amilaz ile nişasta parçalanmasında uzun bir hidroliz periyodunun gerektiğini göstermiştir. Çünkü 24 saat sonunda granüllerde büyük ve derin delikler görülmüştür. Buna karşın, patates granüllerin de ise fazla bir hidroliz saptanmamıştır.Item Cellulose monoacetate/polycaprolactone and cellulose monoacetate/polycaprolactam blended nanofibers for protease immobilization(Wiley, 2017-06-25) Aykut, Yakup; Sevgi, Tuba; Demirkan, Elif; Uludağ Üniversitesi/Mühendislik Fakültesi/Tekstil Mühendisliği Bölümü.; Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü.; 0000-0002-7528-9529; ABI-4472-2020; AAG-7112-2021; 55320835000; 57191880859; 23469245200Enzymes can be used multiple times when they are immobilized on a support. More enzymes can be immobilized on a surface when nanofibers are used as a supporting surface because the specific surface area increases tremendously. In this regard, polycaprolactam/cellulose monoacetate (PA6/CMA) and polycaprolactone/cellulose monoacetate (PCL/CMA) blended nanofibers (NFs) were prepared via an electrospinning process. Protease enzymes were immobilized on neat PA6, PCL, PA6/CMA, and PCL/CMA nanofibers and glutaraldehyde (GA) activated analogs through the physical adsorption method. The immobilized enzyme activity was measured by using a casein substrate, and the results were compared with free enzyme activity. Among all of the samples, the highest immobilization yield of about 82% was obtained with GA-activated neat PCL NF samples. The best remaining activity of the immobilized enzymes on pure CMA NFs was found to be 59% after seven reuses. Even after nine reuses, enzyme activities are still observed on the CMA NF samples. It was expected that the addition of CMA in PCL and PA6 NFs would increase the reusability number to reach the reusability of CMA NFs, but it was not significantly enhanced. If CMA chains could be mostly collected on the sheath or close to the sheath of the NFs during the electrospinnig process, this target could be achieved.Item Comparison of hydrolysis abilities onto soluble and commercial raw starches of ımmobilized and free b. amyloliquefaciens α-amylase(Uludağ Üniversitesi, 2010) Dincbas, Serhan; Demirkan, Elif; Uludağ Üniversitesi/Fen Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü.Immobilized Bacillus amyloliquefaciens α-amylase in calcium alginate beads was used for the effective hydrolysis by using various amounts of soluble potato and various commercial raw starches (potato, maize, wheat, rice), and compared with those of free enzyme. The highest activity was obtained in the presence of commercial raw potato of 4% w/v with immobilized amylase (9740 IU/ml). Immobilized enzyme showed better thermal stability than free enzyme at high temperature. TLC analysis of starches hydrolysis products after 1 h incubation showed the formation of glucose by free amylase and maltose by immobilized amylasePublication Evaluation of the effects of temperature, light, and UV-C radiation on HSP70A expression in chlamydomonas reinhardtii(Tübitak Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2021-01-01) Sevgi, Tuba; Demirkan, Elif; SEVGİ, TUBA; DEMİRKAN, ELİF; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü; 0000-0002-5292-9482; 0000-0002-7528-9529; AAG-7112-2021; ABI-4472-2020In this study, various physical parameters (temperature, light intensity and UV-C radiation) which could be effective in heat shock response on C.reinhardtii by using molecular tools were investigated. In total, 256 transformants were obtained, among them, 160 transformants had continuous expression while 96 of them had heat-inducible expression. In these transformants, arylsulfatase activities were detected qualitatively and quantitatively. The best two transformants were selected and used in studies. To determine the effect of temperature, the cells were shifted from 23 degrees C to 35 degrees C, 37 degrees C, 40 degrees C and 42 degrees C. The heat shock response was induced at all temperatures. In investigating the effect of light intensity, 0, 14, 28, 70, 140 mu mol E.m(-2)s(-1) were used. It was found that the light intensity of 28 mu mol E.m(-2)s(-1) and above increased ARS activity. On the other hand, ultraviolet C radiation application was carried out for periods of 2, 6 and 12 h, and no significant change in ARS activity was observed. In order to compare the selected arylsulfatase activity results in the study, real-time polymerase chain reaction trials were conducted at the transcript level, and parallel results were obtained. As a result of the study, it was determined that the heat shock response was triggered by temperature and light intensity. These might be also important for plant stress and ecological studies.Item Farklı aminoasit içeren nanofibrillerde bacıllus subtılıs E6-5 suşundan ham proteaz ve ticari proteazın immobilizasyon çalışmaları(Uludağ Üniversitesi, 2017-12-25) Güler, Baran Enes; Demirkan, Elif; Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Biyoloji Anabilim Dalı.Bu çalışmada, elektrospin yöntemiyle yüksek yüzey alanına sahip, glisin, tirozin ve glutamik asit aminoasitleri ile oluşturulmuş poliamid 6 polimer yüzeyler üretilmiştir. Yeni izole edilen Bacillus subtilis E6-5 şuşundan elde edilen proteaz ve ticari proteaz (ORBA Biyokimya/İstanbul) enzimlerinin, hem glutaraldehit (GA) ile aktifleştirilmiş PA6/aminoasit nanolif yüzeylerine hemde saf PA6/aminoasit yüzeylerine immobilize edilerek enzim aktiviteleri ve tekrar kullanılabilirlikleri incelenmiştir. Liyofilize Bacillus subtilis E6-5 proteazı ile yapılan çalışmalarda glutaraldehitle aktifleştirilmiş PA6 nanolifler ve glutaraldehitle aktifleştirilmeyen PA6 nanoliflerde glutamik asit aminoasidi varlığında immobilizasyonun daha başarılı olduğu saptanmıştır. Glutaraldehit ile aktifleştirilmemiş ve aktifleştirilmiş yüzeylerde immobilize edilen liyofilize proteaz enziminin 4 kez kullanımı olmasına rağmen, en iyi işlevsel stabilite 2 kez kullanım ile elde edilmiştir. Saf PA6/glutamik asit nanoliflerinde iki tekrarlı kullanım sonucu enzimin immobilizasyon verimi %38 olarak bulunmuştur. Glutaraldehitle aktifleştirilmiş PA6 nanoliflerde de PA6/glutamik asit nanolif yüzeyleri iki tekrarlı kullanım sonucu enzimin immobilizasyon verimi %65 olarak bulunmuştur. Nanoliflerin glutaraldehitle aktifleştirmesi sonucu enzim immobilizasyon verimi iki kat arttırılmıştır. Ticari proteaz ile yapılan çalışmalarda ise glutaraldehitle aktifleştirilmemiş nanolif yüzeylerde enzimin 6 kez kullanımı olmasına rağmen en işlevsel stabilite 3 tekrarlı kullanımda elde edilmiştir. En başarılı immobilizasyon verimi PA6 nanoliflerde %58 olarak bulunmuştur. Glutaraldehitle aktifleştirilmiş PA6 nanoliflerde de enzim 6 kez kullanım bulmuş fakat işlevsel stabilite 4 tekrarlı kullanıma kadar korunmuştur. PA6/tirozin nanoliflerde enzim immobilizasyon verimi %43 olarak tespit edilmiştir.Item Guanine oxidation signal enhancement in DNA via a polyacrylonitrile nanofiber-coated and cyclic voltammetry-treated pencil graphite electrode(Elsevier, 2018-03-02) Tanık, Nilay Aladağ; Demirkan, Elif; Aykut, Yakup; Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü.; Uludağ Üniversitesi/Mühendislik Fakültesi/Tekstil Mühendisliği.; 0000-0002-5292-9482; ABI-4472-2020; 57201032858; 23469245200; 55320835000This study investigated the electrochemical detection of specific nucleic acid hybridization sequences using a nanofiber-coated pencil graphite biosensor. The biosensor was developed to detect Val66Met single point mutations in the brain-derived neurotrophic factor gene, which is frequently observed in neurodegenerative diseases such as Alzheimer's disease, Parkinson's disease, and bipolar disorder. The oxidation signal of the most electroactive and stable DNA base, i.e., guanine, was used at approximately + 1.0 V. Pencil graphite electrode (PGE) surfaces were coated with polyacrylonitrile nanofibers by electrospinning. Cyclic voltammetry was applied to the nanofiber-coated PGE to pretreat its surfaces. The application of cyclic voltammetry to the nanofiber-coated PGE surfaces before attaching the probe yielded a four fold increase in the oxidation signal for guanine compared with that using the untreated and uncoated PGE surface. The signal reductions were 70% for hybridization, 10% for non-complementary binding, and 14% for a single mismatch compared with the probe. The differences in full match, non-complementary, and mismatch binding indicated that the biosensor selectively detected the target, and that it was possible to determine hybridization in about 65 min. The detection limit was 0.19 mu g/ml at a target concentration of 10 ppm.Item Guanine oxidation signal enhancement in single strand DNA with polyacrylonitrile/polyaniline (PAN/PAni) hybrid nanofibers(Wiley, 2017-07-17) Çerkez, İdris; Çam, Ezginur; Tanık, Nilay Aladağ; Demirkan, Elif; Aykut, Yakup; Uludağ Üniversitesi/Mühendislik Fakültesi/Tekstil Mühendisliği Bölümü.; Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü.; ABI-4472-2020; JTV-2018-2023; EOW-1004-2022; EAB-4433-2022; 57195638334; 57195994912; 23469245200; 55320835000Pure polyacrylonitrile (PAN) and polyacrylonitrile/polyaniline (PAN/PAni) hybrid nanofibers (NFs) were produced via electrospinning and used to monitor guanine oxidation in single strand DNA (ssDNA) by electrochemical methods. Two different methodologies were conducted. First, pre-synthesized PAni was added into electrospinning PAN solution and electrospun into composite PAN/PAni nanofibrous structure on cylindrical pencil graphite (PGE) surface. In the second route, PAN NFs were electrospun on a PGE surfaces and polymerization of PAni was conducted on the surfaces of the as-spun PAN NFs. NFs were kept at -18 degrees C in a refrigerator for several days. ssDNA was immobilized on the prepared NFs and guanine oxidation signals were observed for each system. The results revealed that use of PAN NFs enhanced signal intensity from 0.92 mu A (PGE) to 1.04 mu A (PAN NFs). Addition of PAni to PAN increased signal intensity to 1.23 mu A. When the PAN NF surfaces were coated with PAni, signal enhancement continued to increase up to 4.19 mu A for fourth day and decreased again when PAni-coated NFs were kept at -18 degrees C in the refrigerator. Since the prepared system is fast and cheap, it is promising for application in DNA biosensor devices.Item Immobilization of B. amyloliquefaciens α-amylase and comparison of some of its enzymatic properties with the free form(Ars Docendi, 2011) Ertan, Figen; Demirkan, Elif; Dinçbaş, Serhan; Sevinç, Nihan; Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Anabilim Dalı.; ABI-4472-2020; 23469245200; 55096875300; 55095273600The enzyme alpha-Amylase from Bacillus amyloliquefaciens was entrapped by drop-wise addition of an aqueous mixture of sodium alginate in the solution of a Ca2+ salt. Effects of immobilization conditions were investigated. Optimum alginate and CaCl2 concentrations were found to be 2% and 5% (w/v), respectively. The immobilization yield was 89%. Amylase activity increased with increasing enzyme loading on the beads. The best size and amount of beads for achieving enzyme activity were found to be 3 mm and 0.4 g, respectively. When coated with silicate, amylase-entrapped beads retained the highest catalytic activity. The highest operational stability was six reuses with 51% residual activity. Some properties of immobilized enzyme were determined, and compared with those of free enzyme. Product profile of the various raw starches has been determined by thin layer chromatography.Publication Immobilization of bacillus subtilis e6-5 protease and commercial protease in nanofibrils containing different amino acids(Trakya Univ Balkan Yerlesesi Enstituler Binasi, 2020-04-01) Güler, Baran Enes; Demirkan, Elif; DEMİRKAN, ELİF; Sevgi, Tuba; SEVGİ, TUBA; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen Edebiyat Fakültesi/ Biyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-7967-9041; 0000-0002-5292-9482; GWU-7780-2022; AAG-7112-2021; ABI-4472-2020In this study, polyamide 6 polymer surfaces that have a high surface area were produced by electrospinning method with the participation of Glycine, Tyrosine and Glutamic acid amino acids, and lyophilized Bacillus subtilis E6-5 protease and commercial protease enzymes were immobilized on nanofibrils. Enzyme reusability were investigated. The immobilization efficiencies of the enzymes were approximately between 50-55 %. In studies with lyophilized Bacillus protease, glutaraldehyde activated PA6 nanofibrils and glutaraldehyde unactivated PA6 nanofibrils were found to be more immobilized in the presence of Glutamic acid. Although the lyophilized protease enzyme immobilized on non-glutaraldehyde activated and activated surfaces has been used 4 times, the best functional stability has been achieved with 2 times use. In pure PA6/Glutamic acid nanofibrils, the immobilization yield of the two times used enzymes was found to be 38 %. In glutaraldehyde-activated PA6 nanofibrils, the PA6/Glutamic acid nanofibril surfaces were found to have 65 % immobilization yield of the two repetitive used enzymes. The enzyme immobilization efficiency has been doubled by glutaraldehyde activation of the nanofibrils. In studies with commercial protease, the most functional stability was obtained for 3 repeated uses, although the enzyme was used 6 times on the non-glutaraldehyde activated nanofibril surfaces. The most successful immobilization was found in 58 % of PA6 nanofibrils. In glutaraldehyde-activated PA6 nanofibrils, the enzyme was found to be used 6 times, but the functional stability was maintained as much as 4 times of repeated use.Item Inhibition of quorum sensing-controlled virulence factors in Pseudomonas aeruginosa by human serum paraoxonase(Microbiology, 2015-12-07) Aybey, Aynur; Demirkan, Elif; Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü.; ABI-4472-2020; 55353798200; 23469245200The role of quorum sensing (QS) in the regulation of virulence factor production in Pseudomonas aeruginosa is well established. Increased antibiotic resistance in this bacterium has led to the search for new treatment options, and inhibition of the QS system has been explored for potential therapeutic benefits. If the use of QS inhibitory agents were to lead to a reduction in bacterial virulence, new approaches in the treatment of P. aeruginosa infections could be further developed. Accordingly, we examined whether human serum paraoxonase 1 (hPON1), which uses lactonase activity to hydrolyse N-acyl homoserine lactones, could cleave P. aeruginosa-derived signalling molecules. hPON1 was purified using ammonium sulfate precipitation and hydrophobic interaction chromatography (Sepharose 4B-L-tyrosine-1-naphthylamine). Different concentrations of hPON1 were found to reduce various virulence factors including pyocyanin, rhamnolipid, elastase, staphylolytic LasA protease and alkaline protease. Although treatment with 0.1-10 mg hPON1 ml(-1) did not show a highly inhibitory effect on elastase and staphylolytic LasA protease production, it resulted in good inhibitory effects on alkaline protease production at concentrations as low as 0.1 mg ml(-1). hPON1 also reduced the production of pyocyanin and rhamnolipid at a concentration of 1.25 mg ml(-1) (within a range of 0.312-5 mg ml(-1)). In addition, rhamnolipid, an effective biosurfactant reported to stimulate the biodegradation of hydrocarbons, was able to degrade oil only in the absence of hPON1.Publication Investigation of effects of protease enzyme produced by Bacillus subtilis 168 E6-5 and commercial enzyme on physical properties of woolen fabric(Taylor, 2019-06-04) Demirkan, Elif; Kut, Dilek; Sevgi, Tuba; Doğan, Meral; Baygın, Eren; DEMİRKAN, ELİF; KUT, YAŞAR DİLEK; SEVGİ, TUBA; Doğan, Meral; Baygın, Eren; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü; Bursa Uludağ Üniversitesi/Mühendislik Fakültesi/Tekstil Mühendisliği Bölümü; 0000-0002-5292-9482; 0000-0002-9059-0838; 0000-0002-7528-9529; AAG-7112-2021; AAH-4335-2021; ABI-4472-2020; CMN-9718-2022; CFF-0023-2022Wool is one of the most important fibers in textile industry, and has been commonly used for producing value added products due to its properties of lightness, warmth, softness, and smoothness. However, the special scale structure in wool cuticle can cause felting shrinkage of wool fabrics. Proteases have been widely used to modify the surface of wool to prevent wool felting, due to their ability to catalyze the hydrolysis of peptide bonds in wool scales. Although the treatment of wool with proteases was considered as an environmentally friendly technique to provide wool fabrics with shrink resistance properties, proteases exhibited low efficacy in removing the cuticle scales because of the highly cross-linked barriers. In this study, wool fabric was treated with protease enzyme obtained from novel isolated bacteria and commercial protease enzyme, and the results were compared. The tear strength, pilling changes in Delta E values, whiteness and yellowness values of wool were controlled. Results showed that treatment with Bacillus subtilis 168 E6-5 protease enzyme yielded improvements in the physical properties of wool fabric compared with commercial enzyme.Item Kırmızı toprak solucanı Eisenia fetida'dan elde edilen sölom sıvısının özelliklerinin araştırılması(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2022) Kocakurt, Halime; Demirkan, Elif; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı.Toprak solucanları toprak ekosistemi için kritik öneme sahiptir ve toprak yapısını, üretimini geliştirdiğinden ekosistem mühendisleri olarak adlandırılırlar. Kırmızı Kaliforniya solucanı adıyla da bilinen Eisenia fetida kültür solucanları hızlı çoğalmaları, üretimlerinin kolay olmasından dolayı, solucan gübresi üretimi için en uygun solucanlardır. Salgıladıkları sölomik sıvı fizyolojik aktivitelerine yardımcı olmaktadır. Stres sırasında serbest bıraktıkları bu sıvı, toprak sağlığı ve ekotoksisite üzerinde de önemli bir etkiye sahiptir. Bu çalışmada, E. fetida’dan elde edilen sölomik sıvının bazı biyolojik özellikleri araştırılmıştır. Bu amaçla sölomik sıvıdan izole edilen bakteriler arasından 3 bakteri seçilmiş, 16S rRNA dizilimine göre tanımlanmış ve bunlardan 2 tanesi Bacillus cereus ve 1 tanesi Bacillus thuringiensis ile benzerlik göstermiştir. Sölomik sıvıdaki enzimatik aktiviteler kontrol edildiğinde lipaz, selülaz, amilaz, proteaz, fitaz ve arilsülfataz aktivitelerinin varlığı tespit edilmiştir. Sölomik sıvının antibakteriyel etkileri E. feacalis, E. coli, S. epidermidis, S. aureus, K. pneumonia, S. typhimurium, Y. enterocolitica ve P. Aeruginosa'ya karşı araştırılmıştır. Sonuçlara göre sölom bakterileri üzerinde inhibitör etkiler göstermiştir. Buna ek olarak, İnce Tabaka Kromatografisi sonuçları ise sölomik sıvıda glikoz ve maltoz varlığını göstermiştir.Sıvının protein paterni, 17-46 kDa aralığında beş açık protein bandı göstermiştir. Bu çalışma ile sölomik sıvının bazı biyolojik özellikleri ortaya konulmuş olup, bundan sonraki çalışmalara ışık tutacaktır.Publication Lipase from new isolate bacillus cereus ATA179: Optimization of production conditions, partial purification, characterization and its potential in the detergent industry(Tübitak Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2021-01-01) Demirkan, Elif; Aybey Çetinkaya, Aynur; Abdou, Maoulida; DEMİRKAN, ELİF; Aybey Çetinkaya, Aynur; Abdou, Maoulida; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü; 0000-0002-5292-9482; 0000-0003-2743-9745; ABI-4472-2020; CJN-1872-2022; CAU-1487-2022In this study, 341 Bacillus sp. strains were isolated from agricultural soils of Turkey. The potent extracellular lipase producer was selected. It was identified by 16S rRNA, named as Bacillus cereus ATA179. Optimal nutritional and physical parameters for lipase production were determined. Sucrose as the carbon source, (NHIHPO, as the nitrogen source, CaCl2 as the metal ion were obtained. The best results of physical parameters were stated at 45 degrees C, pH 7.0, shaking rate 50 rpm, inoculation amount 7% and inoculum age 24 h. ATA179 strain showed a 51% increase in enzyme production in the modified medium created by optimizing nutritional and physical conditions. Optimum pH value and temperature were found as 6.0 and 55 degrees C, respectively. CaCl2, Tween 20, Triton X-100 had an activating effect on enzyme activity. V-max and K-m kinetic values were found as 18.28 U/mL and 0.11 mM, respectively. The molecular weight was determined as 47 kDa. Lipase was found to be stable up to 75 days at -20 degrees C. The potential of the enzyme in detergent industry was also investigated. It was not affected by detergent additives, but was found to be effective in removing oils from contaminated fabrics. This new lipase may have potential to be used in detergent industry.Item Nanolif kaplı kalem grafit biyosensör yüzeyinde spesifik nükleik asit dizilerinin hibridizasyonunun elektrokimyasal olarak tespiti(Uludağ Üniversitesi, 2016-06-28) Tanik, Nilay Aladağ; Demirkan, Elif; Aykut, Yakup; Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Biyoloji Anabilim Dalı.Bu çalışmada, nanolif kaplı grafit biyosensör yüzeyinde spesifik nükleik asit dizilerinin hibridizasyonunun elektrokimyasal olarak tespiti amaçlanmıştır. Bu amaçla, Alzheimer, Parkinson, Bipolar Bozukluk gibi nörodejeneratif hastalıklarda sıklıkla gözlenen nörotrofik faktörler ailesinden BDNF geninde meydana gelen Val66Met tek nokta mutasyonunun ilk kez elektrokimyasal tayinine yönelik bir biyosensör geliştirilmiştir. Bu polimorfizminin tayini için genelde kullanılmakta olan yöntemler, RFLP, RT-PCR ve DNA sekanslama yöntemleridir. Ancak bunlar pahalı yöntemler olup aynı zamanda oldukça zaman alan örnek hazırlama süreçleri gerektirmektedir. Tez kapsamında yapılan ön çalışmalarda, guanine dayalı yani indikatörsüz bir ayırımın mümkün olduğu görülmüş ve yöntem olarak DNA'daki en elektroaktif ve kararlı yanıt veren baz olan guanin bazının yaklaşık +1,0 V civarında verdiği yükseltgenme sinyaline dayalı indikatörsüz hibridizasyon algılama yöntemi kullanılmıştır. Literatürde ilk defa PGE yüzeyi elektrospin yöntemi ile nanolifle kaplanmıştır. Nanolif kaplı elektrot yüzeyine prob tutturmadan önce CV uygulanması, yüzeyden alınan guanin sinyalinin CV uygulanmamış ve nanolif kaplı olmayan PGE yüzeyine göre 4 kat arttışına sebep olmuştur. Çalışmada optimum koşulların belirlenmesinde tek sarmal DNA'da gözlenen guaninin oksidasyon sinyalinin, dsDNA(hibrit) ve tek bazı eşleşmemiş DNA(MM)'dan daha fazla olması esas alınmıştır ve mümkün olan en iyi ayırımın sağlandığı koşullar en iyi tayin koşulları olarak belirlenmiştir. Buna göre en uygun prob ve hedef tamponu 5X SSC, ölçüm tamponu ABS, prob konsantrasyonu 10µg/ml, hedef konsantrasyonu 15µg/ml, prob tutturma ve hibridizasyon süresi 30dk, hibridizasyondan sonraki yıkama süresinin 20sn olduğu görülmüştür. Tek sarmal DNA da yani hibridizasyon meydana gelmemiş dizilerde (prob, NC ve MM dizilerinde) guaninler açık olduğu için yükseltgenme sinyali yüksek, hibridizasyondan sonra ise sitozinle aralarında oluşturdukları hidrojen bağı köprüleri nedeniyle yükseltgenmesi kısmen kapalı duruma geldiğinden tek sarmala göre daha düşük sinyal vermesi beklenmiştir. Sonuç olarak tek sarmal olan prob diziden alınan sinyal en yüksek, hibrit diziden alınan sinyal en düşük, NC ve MM dizilerinden alınan sinyalin de hibridizasyon meydana gelmediği için prob dizisine yakın bir değerde olduğu görülmüştür. Ayrıca bu sonuç, geliştirilen biyosensörün seçimli şekilde hedefine bağlandığını ve polimorfizm tayinin mümkün olduğunu göstermiştir. Yöntemimizin kolay uygulanabilir olması, pahalı ekipmanlara gerek duyulmaması, hızlı cevap veren bir sistem olması (yaklaşık 65dk'da) ve herhangi bir toksik veya radyoaktif ajanın kullanılmaması nedenleriyle klasik yöntemlere güçlü bir alternatif yöntem geliştirilmiştir. Bu prototip biyosensör ile sadece bu gibi polimorfizmlerin ve mutasyonların tespiti değil, çevre, gıda, tıbbi tanı ve klinik uygulamalarda da kullanılabilecek mikroçip teknolojisinin altyapısı oluşturulmuştur.Item Optimization of phytase production by new isolate bacillus sp. EBD 9-1 strain using statistical experimental design(Uludağ Üniversitesi, 2015-10-08) Murat, Dilek; Demirkan, Elif; Sevgi, Tuba; Baygın, Eren; Uludağ Üniversitesi/İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi.; Uludağ Üniversitesi/Fen Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü.In this study, face centered central composite design (FCCCD) of response surface methodology (RSM) was applied to describe the relationship between the tested variables, pH, temperature, rpm, incubation period and phytase production by novel isolate Bacillus sp. EBD 9-1. The design was employed by selecting pH, temperature, rpm and incubation period as the model factors and to achieve maximum yield, interaction of these factors was studied by RSM. A second order quadratic model and response surface method showed that the optimum conditions for phytase production were pH, 8.0; temperature, 38.13°C; rpm, 113.64 and incubation period, 45 h. Under these conditions, phytase activity was found to be about 228 Uml-1.