Browsing by Author "Duran, Sevin Teoman"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 2 of 2
  • No Thumbnail Available
    Publication
    Genetic variation and relationships between Azerbaijani and Turkish olive genetic resources
    (Springer, 2022-06) Duran, Sevin Teoman; Aghayeva, Saltanat; Akparov, Zeynal; Mammadov, Ayaz; Asgarova, Rana; Uslu, Osman Yaşar; Kırıkoğlu, Osman; Duran, Ufuk Tan; İpek, Meryem; Barut, Erdogan; Ercişli, Sezai; İlhan, Gülce; İpek, Ahmet; TEOMAN DURAN, SEVİN; İPEK, MERYEM; İPEK, AHMET; BARUT, ERDOĞAN; Kırıkoğlu, Osman; Duran, Ufuk Tan; Bursa Uludağ Üniversitesi/Karacabey Meslek Yüksekokulu/Süt ve Besi Hayvancılığı Bölümü/Organik Tarım Programı; Bursa Uludağ Üniversitesi/Ziraat Fakültesi/Bahçe Bitkileri Bölümü; 0000-0003-1469-6777; 0000-0001-5821-2426; AAE-4675-2019; AAH-3233-2021; AAK-4655-2021; AAE-6913-2019; FCC-3703-2022; IDH-4027-2023
    Olive (Olea europaea L.) is one of the most economically important crop from east to the west around the world. The aim of this research was to investigate the genetic relationship among 41 olive genotypes, including 11 well-known Turkish cultivars and 30 Azerbaijani olive genotypes using simple sequence repeat (SSR) markers. In this study, 19 SSR markers were amplified 115 polymorphic SSR alleles. The number of polymorphic alleles ranged from 3 to 10 with an average of 6.05. The observed heterozygosity (Ho) varied from 0.05 to 0.93 with an average of 0.63 and expected heterozygosity (He) differed from 0.26 to 0.86 with an average of 0.72. The polymorphism information content (PIC) ranged from 0.23 to 0.85 with a mean of 0.68. A UPGMA cluster analysis grouped olive genotypes into two distinct clusters and both clusters were divided into two subgroups. Similarly, STRUCTURE analysis assigned olive genotypes into two different gene pools (K = 2) and four gene pools were identified representing the two subgroups by STRUCTURE analysis for K = 4. The genetic similarity of olive genotypes ranged from 0.36 to 0.95. These results revealed that there was a high genetic variation among 30 Azerbaijani olive genotypes. 'Ayvalik 1'and 'Ayvalik 2' from Azerbaijani olive genotypes were different from Turkish local olive cultivar, "Ayvalik" indicating homonymy. This research also highlighted that Azerbaijani olive genotypes were totally distinct from Turkish olive cultivars demonstrating that these olive genotypes might have been imported to Azerbaijan from different countries other than Turkey. The outcomes of this study indicated that these diverse olive genotypes could be useful for development of new olive varieties in Azerbaijan and future breeding programs between two countries could be enhanced by means of these results.
  • Thumbnail Image
    Item
    Havuç (daucus carota l.) bitkisinde rf lokusu ile bağlantılı snp moleküler işaretleyicilerin gbs yöntemi kullanılarak belirlenmesi ve doğrulanması
    (Bursa Uludağ Üniversitesi, 2019-09-16) Duran, Sevin Teoman; İpek, Ahmet; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı.; 0000-0003-1469-6777
    Bu çalışmada, havuç bitkisinde erkek kısırlığı kontrol eden Rf (Restorers of fertility) lokusu ile bağlantılı SNP moleküler işaretleyicilerin GBS (Genotyping by sequencing) yöntemi kullanılarak tespit edilmesi ve eş zamanlı PZR simple probe yöntemi ile doğrulanması amaçlanmıştır. Bu amaca yönelik olarak erkek kısırlık karakterinin 3:1 oranında açılım gösterdiği 96 adet bitkiden oluşan F2 haritalama popülasyonu oluşturulmuştur. 96 adet bitkiden elde edilen DNA örnekleri ile GBS analizi yapılmış ve 10 425 adet SNP moleküler işaretleyicisi tespit edilmiştir. Bu SNP moleküler işaretleyicileri kullanılarak oluşturulan ilişkilendirme haritalaması ile Rf1 geninin havucun 9. kromozomu üzerinde bulunduğu tespit edilmiştir. Havucun 9. Kromozom üzerinde yer alan SNP moleküler işaretleyiciler kullanılarak oluşturulan genetik bağlantı haritası Rf1 geninin yerini doğrulamıştır. Buna göre; Rf1 genine yakın olduğu tespit edilen üç adet SNP moleküler işaretleyicisi (DcSNP_3342931, DcSNP_4822988 ve DcSNP_6233708) belirlenmiştir. Tespit edilen SNP moleküler işaretleyicilerinin (DcSNP_3342931, DcSNP_4822988 ve DcSNP_6233708) doğrulanmasında, eş zamanlı PZR simple probe yöntemi sonucunda oluşturulan erime eğrisi (melting curve) analizleri kullanılmıştır. Erime eğrisi analizleri ile; popülasyondaki tüm bireylerin homozigot fertil (Rf1Rf1), heterozigot fertil (Rf1rf1) ve erkek kısır (rf1rf1) olma durumları ayrı ayrı tespit edilmiştir. Fenotipik gözlem verileri ve GBS analizi sonuçları, erime eğrisi analizi sonuçları ile karşılaştırılmış; simple probe yönteminin fenotipik gözlem verilerini %97,9 oranında doğruladığı tespit edilmiştir. Sonuç olarak; havuç bitkisinde erkek kısırlık karakterini kontrol eden Rf1 geninin havuç genomundaki yerinin tespit edilmesi ve Rf1 geni ile bağlantılı olduğu belirlenen DcSNP_3342931, DcSNP_4822988 ve DcSNP_6233708 SNP moleküler işaretleyicilerinin belirlenmesi hibrit havuç çeşitlerinin geliştirilmesini hızlandıracaktır. Ülkemizdeki yerel standart havuç çeşitlerinin hibrit çeşitlere dönüştürülmesine yardımcı olacaktır. Yerel hibrit havuç çeşitlerinin geliştirilmesi yurtdışına ödenen döviz kaybının önüne geçerek ülkemiz ekonomisine katkıda bulunacaktır.