Browsing by Author "Evke, Elif"

Now showing 1 - 13 of 13

An azoospermic case with (16)(q22) fragile site
(Springer, 2007) Gülten, Tuna; Temel, Sehime; Evke, Elif; Cangül, Hakan; Yakut, Tahsin; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi.; AAG-8385-2021
Bursa okullarındaki eğitilebilir öğretilebilir çocuklarda dermatoglifik analizler
(Uludağ Üniversitesi, 1996) Evke, Elif; Genç, Zehra; Uludağ Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Enstitüsü/Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı.
1994-1995 eğitim ve öğretim yılı içinde Bursa okullarında okuyan mental retardasyonlu çocuklarda dermal örnekler incelendi. Dermal örneklerin alımmda röntgen filmi yöntemi uygulandı. Çalışmamızda 450 kişinin el parmak ucu örnek tipleri, total çizgi sayıları (TRC), tüm çizgi sayıları (ARC), interdigital bölgeler ile hipotenar bölgedeki elin palmar örnek tipleri, elin palmar yüzeyindeki temel çizgi sonlanmaları, a-b, b-c, c-d çizgi sayılan, atd açısı, el ayası bükülüm çizgileri olmak üzere toplam 8 parametre değerlendirildi. Bu çalışma sonunda düğüm (W) ve radial ilmek (RL) örnekleri erkeklerin II. ve IV. parmaklarında artma, ulnar ilmek (UL) örneği ise kızların sol el parmak uçlarında azalma olarak kendini gösterdi. TRC, ARC, a-b, b-c, c-d çizgi sayılarında ve atd açılarında kontrollerle deney grubu arasında anlamlı fark bulundu (p<0.001). A-temel çizgisi 4 pozisyonunda deney grubu kızların sol ellerinde azalarak sonlanırken, deney grubu erkeklerin sağ ellerinde artarak sonlandığı gözlendi. Deney grubu erkeklerin sol ellerinde A-temel çizgisi 13' pozisyonunda kendini azalarak göstermektedir (p<0.01 ve p<0.001). B-temel çizgisi deney grubu kızların sol ellerinde 5' ve 6 pozisyonlarında azalarak, 8 pozisyonunda artarak sonlandığı görüldü. Aynı çizgi deney grubu erkeklerin sol ellerinde 5' pozisyonunda azalarak gözlendi. C-temel çizgisinin deney grubu kızların sol ellerinde 7 pozisyonunda azalarak, 9 pozisyonunda artarak sonlandığı gözlendi. D-temel çizgisi deney grubu kızların sol ellerinde 7 pozisyonunda azalarak gözlendi. Deney grubu erkeklerin sağ ellerinde 9 ve 11 de pozisyonlarda azalarak gözlenirken yine deney grubu erkeklerin sol ellerinde 8 pozisyonunda da azaldığı saptandı. Palmar hipotenar örnek tiplerinden W örneğinin deney grubu kızların sol ellerinde ve deney grubu erkeklerinde sağ ellerinde azaldığı saptandı. RL örneği ise deney grubu kızların sol ellerinde azalmış olarak gözlendi. Normal tip fleksiyon çizgisi deney grubu kızların sağ ellerinde azalmış olarak gözlendi. Simian çizgisi deney grubu erkeklerin sağ ve sol ellerinde artarken geçişli Simian çizgisi deney grubu kızların ellerinde ise azalarak saptandı. Sydney çizgisi deney grubu kızların sol ellerinde azalarak, deney grubu erkeklerinin sağ ellerinde ise artarak gözlendi. Sonuç olarak Bursa okullarında kayıtlı eğitilebilir-öğretilebilir çocuklarda dermal örnekler incelendiğinde yukarıda söz edilen parametrelerde deney grubunda kontrollerden farklılıklar saptandı. Zeka geriliğinde çevresel etkenlerin, prenatal faktörlerin, gebelik komplikasyonlarının, çocukluk çağı hastalıklarının, sosyokültürel faktörler ve kalıtım modelinin kompleks oluşu bizi dermatoglifiklerin zeka geriliğinin yalnızca genetik faktörlere dayandığı konusunda kesin bir ayıraç olacağını söylemekten alıkoymaktadır. Buna rağmen klinik bulgularda yukarıda konusu geçen etkenlerin kesin saptanmamış olması durumunda, zeka geriliği gösteren olgularda, dermatoglifik örnekleri incelenmesi ile klinik tanıya destek olunabilir inancındayız. Dermatoglifiklerde normalden sapmalar gösteren parametreler varsa bu kusurların gebeliğin ilk 3 ayında ortaya çıktığını söylemek olasıdır.
Çeşitli lösemi tiplerinde tedavi öncesi ve sonrasında kromozom anomalilerin GTG-bantlama tekniği ve ABL-BCR füzyon gen ekspresyonunun RT-PCR yöntemi ile tespiti
(Uludağ Üniversitesi, 2003-04-24) Evke, Elif; Egeli, Ünal; Uludağ Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Enstitüsü/Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı.
Bu çalışmada değişik lösemi türlerinde, sitogenetik ve moleküler genetik yöntemlerle, kromozom anomalileri incelenmiştir. 280 olgunun tedavi öncesinde kemik iliği veya periferik kan örneklerinden hücre kültürü yapılmıştır. Kültürleri üremeyen, tedavi esnasında ölen, tedaviyi terk eden veya remisyona girmeyen hastalar elendikten sonra kalan 70 olgu bu çalışmanın esas materyalini oluşturmaktadır. Bu 70 olgudan 30'u Akut miyeloid lösemi (AML), 9'u Akut lenfoid lösemi (ALL), 29'u Kronik miyeloid lösemi (KML) ve 2'si Miyelodisplastik sendrom (MDS) göstermekteydiler. Yetmiş hastanın sitogenetik analizi ile, tedavi öncesinde 34 hastada kromozom anomalisi bulunmuşken, tedavi sonrasında yeni çoğalan hücrelerde bu 34 kromozom anomalisinden 22 tanesi görülmemiş, 12 tanesinin ise varlığını devam ettirdiği saplanmıştır. Tedavi öncesinde sitogenetik yöntemle belirlenen kromozom anomalisi türlerinin lösemi gruplarına göre dağılımı şöyledir : Otuz AML olgusundan; ikisinde translokasyon t(8;21), birinde trizomi 4, birinde trizomi 1 1 bulunmuştur. Dokuz ALL olgusundan, birinde translokasyon t(9;22), ikisinde delesyon del(12)(p), birinde monozomi 7, birinde trizomi 22, birinde trizomi lq bulunmuştur. Yirmidokuz KML olgusundan, yirmiüçünde translokasyon t(9;22) anomalisi bulunmuştur, tki MDS olgudan; birinde monomozi 7 bulunmuştur. Moleküler genetik yöntem ile yalnız translokasyon t(9;22) anomalisi araştırılmış olup, tedavi öncesinde 70 hastanın 33 tanesinde t(9;22) anomalisi bulunmuşken, tedavi sonrasında yeni çoğalan hücrelerde 29 hastada bu anomalinin varlığını devam ettirdiği görülmüştür. Moleküler genetik yöntemle tedavi öncesinde translokasyon t(9;22) anomalisi belirlenen hastaların değişik lösemi gruplarına göre dağılımı şöyledir ; KML grubunda yirmidokuz hastada, AML grubunda bir hastada, ALL grubunda üç hastada bulunmuştur. Translokasyon t(9;22) anomalisinin belirlenmesi açısından; sitogenetik yöntem ile moleküler genetik analiz yönteminin karşılaştırılması sonucunda, moleküler genetik yöntemin bu anomaliyi saptamak açısından daha etkili olduğu kanısına varılmıştır.
Effect of ethylene oxide, autoclave and ultra violet sterilizations on surface topography of pet electrospun fibers
(Uludağ Üniversitesi, 2016-10-21) Evke, Elif; Düzyer, Şebnem; Hockenberger, Aslı; Uguz, Agah; Kahveci, Zeynep; Uludağ Üniversitesi/Mühendislik Fakültesi/Tekstil Mühendisliği Bölümü.; Uludağ Üniversitesi/Mühendislik Fakültesi/Makine Mühendisliği Bölümü.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı.
The aim of this study to investigate the effects of different sterilization methods on electrospun polyester. Ethylene oxide (EO), autoclave (AU) and ultraviolet (UV) sterilization methods were applied to electrospun fibers produced from polyethylene terephthalate (PET) solutions with concentrations of 10, 15 and 20 wt.%. The surface characteristics of the fibers were examined by scanning electron microscope (SEM), atomic force microscope (AFM), surface pore size studies and contact angle measurements. Differential scanning calorimetry (DSC) tests were carried out to characterize the thermal properties. Fourier Transform Infrared spectroscopy (FTIR) tests were performed to analyze the micro structural properties. SEM studies showed that different sterilization methods made significant changes on the surfaces of the fibers depending on the PET concentration. Although the effects were decreased with the increasing polymer concentration, the fiber structure was damaged especially with the EO sterilization. The contact angle values were decreased with the UV sterilization method the most.
Effects of different sterilization methods on polyester surfaces
(Ege Üniversitesi, 2013-09) Düzyer, Şebnem; Koç, Serpil Koral; Hockenberger, Aslı Şengönül; Evke, Elif; Kahveci, Zeynep; Uǧuz, Agâh; Uludağ Üniversitesi/Mühendislik Fakültesi/Makine Mühendisliği Bölümü.; Uludağ Üniversitesi/Mühendislik Fakültesi/Tekstil Mühendisliği Bölümü.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0003-3737-5896; 36815823800; 24398865400; 6507435813; 8572204200; 6603395784; 7004907051
The aim of this study is to investigate the effects of different sterilization methods on polyester surfaces. Therefore, ethylene oxide (EO), autoclave (AU) and ultraviolet (UV) sterilization methods were performed on two groups of polyester surfaces. In the first part, the effects of different sterilization methods on polyethylene terephthalate (PET) nanofibers produced by electrospinning with different concentrations were investigated. In the second part, the effects of different sterilization methods on PET fabrics were investigated. The effects of the different sterilization methods on surface properties of PET surfaces were examined by scanning electron microscope (SEM) studies and contact angle measurements. The changes in mechanical properties were investigated by Instron studies. It was seen that different sterilization methods affected the nanofibers significantly depending on the polymer concentration. This effect was less clear for the PET fabrics. It was concluded that UV sterilization gave less damage to the nanofibers.
Homozygous, and compound heterozygous mutation in 3 Turkish family with Jervell and Lange-Nielsen syndrome: Case reports
(BMC, 2017-10-01) Türkgenç, Burcu; Toksoy, Güven; Evke, Elif; Uyguner, Oya; Yakıciğer, Cengiz; Kayserili, Hülya; Uysal, Fahrettin; Bostan, Özlem Mehtap; Çil, Ergün; Temel, Şehime Gülsün; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Çocuk Cerrahisi Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları/Kardiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-7707-2174; 0000-0003-3516-0082; 0000-0002-9802-0880; AAH-4421-2021; AAG-8558-2021; AAG-9324-2021; AAH-3865-2021; AAG-8385-2021; 24469008200; 8676936500; 35587943300; 6507885442
Background: Jervell and Lange-Nielsen syndrome (JLNS) isa recessive model of long QT syndrome which might also be related to possible hearing loss. Although the syndrome has been demonstrated to be originated from homozygous or compound heterozygous mutations in either the KCNQ1 or KCNE1 genes, additional mutations in other genetic loci should be considered, particularly in malignant course patients. Case presentations: Three patients were admitted into hospital due to recurrent seizures/syncope, intrauterine and postnatal bradycardia respectively; moreover all three patients had congenital sensorineural hearing-loss. Their electrocardiograms showed markedly prolonged QT interval. Implantable defibrillator was implanted and left cardiac sympathetic denervation was performed due to the progressive disease in case 1. She had countless ventricular fibrillation and appropriate shock while using an implantable defibrillator. The DNA sequencing analysis of the KCNQ1 gene disclosed a homozygous c.728G > A (p.Arg243His) missense mutation in case1. Further targeted next generation sequencing of cardiac panel comprising 68 gene revealed a heterozygous c.1346 T > G (p.Ile449Arg) variant in RYR2 gene and a heterozygous c.809G > A (p.Cys270Tyr) variant in NKX2-5 gene in the same patient. Additional gene alterations in RYR2 and NKX2-5 genes were thought to be responsible for progressive and malignant course of the disease. As a result of DNA sequencing analysis of KCNQ1 and KCNE1 genes, a compound heterozygosity for two mutations had been detected in KCNQ1 gene in case 2: a maternally derived c.477 + 1G > A splice site mutation and a paternally derived c.520C > T (p.Arg174Cys) missense mutation. Sanger sequencing of KCNQ1 and KCNE1 genes displayed a homozygous c.1097G > A (p.Arg366Gln) mutation in KCNQ1 gene in case 3. beta-blocker therapy was initiated to all the index subjects. Conclusions: Three families of JLNS who presented with long QT and deafness and who carry homozygous, or compound heterozygous mutation in KCNQ1 gene were presented in this report. It was emphasized that broad targeted cardiac panels may be useful to predict the outcome especially in patients with unexplained phenotype-genotype correlation. Clinical presentations and molecular findings will be discussed further to clarify the phenotype genotype associations.
Immunohistochemical detection of p53 protein in basal cell skin cancer after microwave-assisted antigen retrieval
(Springer, 2009-02) Evke, Elif; Minbay, Zehra; Temel, Şehime; Kahveci, Zeynep; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Genetik Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-5757-8450; AAG-8385-2021; ABC-1475-2020; 8572204200; 8220935200; 6507885442; 6603395784
p53 is the most frequently altered tumor-suppressor gene in skin cancer. In normal tissues the p53 protein (wild type) has a very short half-life and it is not detectable immunohistochemically. In contrast, the mutant p53 protein has an extended half-life in tumor cells and can be detected by immunohistochemical methods. p53 is widely used as an indicator of tumor aggression and progression. Fixation methods especially formaldehyde based fixation may mask the immunohistochemical detection of p53 protein but antigen retrieval methods enhance the inmmunohistochemical detection of p53 protein by remodification of protein structure. This study was designed to evaluate the efficacy of different fixatives, of microwaving and microwave pretreatment method to retrieve p53 immunoreactivity in paraffin-embedded non-lesioned (adjacent normal tissue) human skin samples or pathological human skin samples diagnosed as basal cell carcinoma. The samples were fixed at RT and/or in microwave oven either in neutral buffered formalin or alcohol for different time periods. For antigen retrieval, the sections were irradiated in a microwave oven for 5 cycles in 10 mM citrate buffer (pH 6.00). In this study the effects of six different fixation methods on the immunohistochemical staining have been investigated in basal cell tumor specimens. The application of antigen retrieval method was also examined and compared. Optimal results were obtained using samples fixed in alcohol either at room temperature (24 h) or in microwave oven.
In vitro kültürde zenginleştirilen domuz folikül ve amniyon hücrelerinden RNA ekstraksiyonu
(Uludağ Üniversitesi, 2011-06-30) Polat, Yasemin Özen; Özalp, Gözde R.; Evke, Elif; Batmaz, Özocak Elçin; Salcı, E. Sinem Özdemir; Kahveci, Zeynep; Uludağ Üniversitesi/Veteriner Fakültesi.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi /Tıbbi Genetik Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı.
Amniyotik hücreler fetustan köken alan ve birçok farklı doku tipine dönüşebilen hücrelerdir. Bu durum hücrelerin birçok medikal uygulamada kullanılmasına olanak sağlar. Amniyotik ve foliküler sıvılar, prenatal tanıda çok etkili bir metod olan amniyosentez ile toplanmaya çalışılmıştır. Uygulamadan 48 saat sonra domuzlarda abortus görüldüğü ve toplanan hücre sayısının yeterli olmamasından dolayı, örneklerin steril şartlar altında operasyonla toplanmasına karar verilmiştir. Alınan hücreler yeterli sayı ve mitotik aktiviteye ulaşıncaya kadar hücre kültüründe geliştirilmiştir. Takibinde Trizol ile muamele edilerek hücrelerden RNA izolasyonu yapılmıştır. Amniyotik ve foliküler hücrelerin iyi kalitede üremelerine rağmen RNA izolasyonlarından alınan sonuçlar çok tatmin edici olmamıştır. RNA bütünlüğü agaroz jel elektroforezi ile kontrol edilmiştir. Elektroforez sonuçlarına göre foliküler hücrelerden elde edilen örneklere ait 28s, 18s ve 5s rRNA bantları gözlenirken, amniyotik hücre kültürlerine ait örneklerde hiç bant gözlenmemiştir. Bu sonuçlar domuza ait amniyotik ve foliküler hücrelerin in vitro ortamda üretilebildiğini göstermiştir. Ancak amniyon hücrelerine ait başarısız RNA izolasyonları açıklanamamaktadır. Amniyotik hücreler için hazırlanacak kültüre bazı zenginleştirmeler yapılabileceği yada izolasyon için daha farklı metotların kullanılabileceğini önerilebilir..
Interleukin-10 IFN-γ cytokine gene polymorphisms can be risk factors for chronic myelogenous leukemia
(Elsevier, 2004-01-01) Baştürk, Bikay; Evke, Elif; Tunalı, Ahmet; Karakuş, Sema; Evke, Elif; Tunalı, Ahmet; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Genetik Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Hemotoloji Anabilim Dalı.; COH-2496-2022; ECL-6239-2022
Lack of genotoxicity in medical oncology nurses handling antineoplastic drugs: Effect of work environment and protective equipment
(IOS, 2011) Gülten, Tuna; Evke, Elif; Ercan, İlker; Evrensel, Türkkan; Kurt, Ender; Manavoǧlu, Osman; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Genetik Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Biyoistatistik Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/ Tıp Fakültesi/Onkoloji Anabilim Dalı.; 0000-0002-9732-5340; 0000-0002-2382-290X; AAJ-1027-2021; 6505944216; 8572204200; 6603789069; 6603942124; 7006207332; 6602587152
Objective: In this study we aimed to investigate the genotoxic effects of antineoplastic agents in occupationaly exposed oncology nurses. Genotoxic effects mean the disruptive effects in the integrity of DNA and they are associated with cancer development. Biomonitoring of health care workers handling antineoplastic agents is helpful for the evaluation of exposure to cytostatics. Participants: The study included an exposed and two control groups. The exposed group (n = 9) was comprised of oncology nurses. The first (n = 9) and second (n = 10) control groups were comprised of subjects who did not come into contact with antineoplastic drugs working respectively in the same department with oncology nurses and in different departments. Methods: Genotoxicity evaluation was performed using SCE analysis. After applying culture, harvest and chromosome staining procedures, a total of 25 metaphases were analyzed per person. Kruskal Wallis test was used to perform statistical analysis. Result: A statistically significant difference of sister chromatid exchange frequencies was not observed between the exposed and control groups. Conclusion: Lack of genotoxicity in medical oncology nurses might be due to good working conditions with high standards of technical equipment and improved personal protection.
Low ratio mosaic marker chromosomes in prenatal diagnosis
(Springer, 2007) Yakut, Tahsin; Gülten, Tuna; Sağ, Şebnem Özemri; Evke, Elif; Cangül, Hakan; Temel, Sehime; Karkucak, Mutlu; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi.; AAH-8355-2021; ABI-5648-2022; AAG-8385-2021
Prenatal diagnosis of a fetus with de novo reciprocal translocation t(1;12)(q21.3;p11.2) and trisomy 21
(Springer, 2007) Sağ, Şebnem Özemri; Yakut, Tahsin; Gülten, Tuna; Evke, Elif; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi.
Prenatal tanıda konvansiyonel sitogenetik ve FISH analiz sonuçlarının sayısal kromozomal anomaliler ve endikasyonlar açısından değerlendirilmesi
(Uludağ Üniversitesi, 2010-01-08) Sağ, Şebnem; Gülten, Tuna; Karkucak, Mutlu; Yakut, Tahsin; Kimya, Yalçın; Evke, Elif; Yiğit, Barbaros; Cengiz, Candan; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Genetik Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı.
Bu çalışmada, 2004-2008 yılları arasında prenatal tanı amacı ile gelen 200 hastanın konvansiyonel sitogenetik ve FISH analiz sonuçları sayısal kromozomal anomaliler yönünden endikasyonlarına göre; anormal ultrason bulgusu (AUS), üçlü tarama testi riski (ÜTT), ileri maternal yaş (İMY) ve diğerleri olarak dört ana grupta ve ek endikasyonlara göre de alt gruplarda değerlendirildi. Değerlendirilen 200 vaka içinde, 52 vaka ileri maternal yaş, 59 vaka anormal ultrason bulgusu, 44 vaka üçlü tarama test riski nedeniyle gönderilmişti. Diğer endikasyonlarla gelen vakaların sayısı ise 11 olarak tespit edildi. AUS ile gelen vakalarda sayısal kromozomal anomali oranı AUS içermeyen vakalara göre daha yüksek bulundu (p=0.002). AUS olan ve özellikle geç dönemde amniyosentez yapılan olgularda, konvansiyonel sitogenetik analize ek olarak FISH gibi hızlı sonuç alınan yöntemlerin uygulanmasının sonuç verme süresinin kısaltılabilmesi, olası terminasyonun erkene alınması, annenin bekleme stresinin azaltılması, ilave tetkik yapılacaksa zaman kazanılması gibi önemli yararlar sağlaması nedeniyle oldukça etkili ve gerekli olduğu gözlendi.