Browsing by Author "Kanbur, Ertan"
Now showing 1 - 6 of 6
- Results Per Page
- Sort Options
Publication Exenatide increases ctrp3 gene expression in adipose cells by inhibiting adipogenesis and induces apoptosis(Pergamon-elsevier Science Ltd, 2022-09-24) Gündüz, Meliha Koldemir; Kaymak, Güllü; Berikten, Derya; Sener, Harun; Kanbur, Ertan; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmunoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-8399-8942; AAW-6971-2021Considering the rapidly increasing prevalence of obesity worldwide, the number of weight control drugs is very few. Incretin-based therapies are currently being developed to achieve weight control, and Glucagon-Like Peptide-1 Receptor Agonists (GLP-1RA) are used in incretin-based therapies. This study aimed to investigate the cytotoxicity of exenatide, a GLP-1A, on 3T3-L1 adipocytes and the effect of exenatide on the expression of adipogenesis-related genes, insulin and glucose levels, and apoptosis. Cytotoxic activity of exenatide on 3T3-L1 adipocytes was determined by MTT method. Gene expression levels were determined by qPCR. Apoptosis studies were performed on the Muse Cell Analyzer. C1q/TNF-related protein-3 (CTRP3) expression levels were found to be higher in exenatide treated adipocyte cells than in control cells (p < 0.001). Adipocyte cells treated with exenatide were found to have lower PPAR-gamma gene expression levels when compared to control adipocyte cells (p < 0.001). Intracellular insulin (p < 0.001) and glucose levels were higher in 3T3-L1 adipocytes treated with exenatide compared to control adipocyte cells. Total apoptosis increased approximately 1.5 times as a result of exenatide administration. The increase in CTRP3 gene expression, which is thought to be a new biomarker for obesity, and the decrease in PPAR-gamma gene expression indicate that exenatide is a promising new pharmaco-therapeutic agent in the treatment of obesity by regulating the expression of genes related to adipogenesis and lipogenesis and inducing apoptosis.Item İnsan prostat kanseri PC3 hücre hattında proteozom inhibitörlerine karşı geliştirilen direnç mekanizmalarının araştırılması(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2022-02-23) Kanbur, Ertan; Budak, Ferah; Yerlikaya, Azmi; Bursa Uludağ Üniversitesi/Sağlık Bilimleri Enstitüsü/Tıp Fakültesi/İmmünoloji Anabilim Dalı; 0000-0001-8399-8942Günümüzde kanser tedavisi için en umut vaat eden uygulama halen kemoterapi olmasına rağmen kanser ilaçlarına karşı ilaç direnci, medikal onkolojideki en büyük engel teşkil etmeye devam etmektedir. Kemoterapide meydana gelen başarısızlık sebeplerinin %90’ı, kanserde olan veya oluşan ilaç direnci ile meydana gelen invazyon ve metastazdan kaynaklanmaktadır. Tüm dünyada prostat kanseri, erkeklerde akciğer kanserinden (%14,3) sonra ikinci (%14,1) en sık görülen kanser tipidir. Ubiquitin ve proteozom yolağı (UPY) proteinler için bir kalite kontrol sistemidir. Hasarlı ve yanlış katlanmış proteinlerin yıkımından sorumludur. UPY; transkripsiyonda, hücre döngüsünde, hücre içi sinyallerde, antijen sunumunda ve epigenetik mekanizmalarda görev almaktadır. Proteozom inhibitörleri hematolojik malignitelerde kullanılmaktadır. Bortezomib bir proteozom inhibitörüdür. Proteozom inhibitörlerinin solid tümörlerde kullanılması umut vadetmektedir. Proteozom inhibitörlerinin otoimmün hastalıklarda da kullanılabileceği düşünülmektedir. Hücrelerin stres kaynaklarına verdiği yanıtlardan biri, hücrelerdeki moleküler değişiklikler ile kalıcı bir şekilde hücre döngüsü tutuklanması olan senesenstir. Senesent hücreler genellikle biyoaktif proteinler salgılarlar ve bunlar senesent olmayan komşu hücreleri uyararak tümör gelişimine sebep de olabilmektedir ve aynı zamanda yaşlanma sürecindeki kronik enflamasyondan sorumlu olduğu düşünülmektedir. Bu tezde; bir prostat kanseri hücre hattı olan PC3 hücrelerinde [PC3-P, parental; PC3-R, dirençli], klinikte prostat tedavi protokollerinde henüz kullanılmayan ve solid tümörlerde kullanılması umut vadeden bortezomib ilacına karşı oluşmuş ilaç direnci mekanizmaları ile bortezomib’in PC3 hücreleri üzerindeki senesens rolü araştırılmıştır. Dirençli PC3-R ve parental PC3-P hücrelerinde yaptığımız bortezomib sitotoksisitesi, hücre ölüm modu, AO/EB çift boyaması ve 3 boyutlu hücre kültürü çalışmalarında; PC3-R hücrelerinin PC3-P hücrelerine göre ilaca çok daha dirençli oldukları, apoptoza daha dirençli oldukları ve ilaç varlığında bile 3 boyutlu kompleks yapıları oluşturarak kendilerini destekleyebildikleri ve direnç mekanizmasının geri dönüşümlü olmadığı gösterilmiştir. Direnç mekanizmasını aydınlatmaya yönelik MAPK ve otofajik aktivasyon, ısı şok proteinlerin ekspresyonu gibi incelenen stratejik yolaklarda; stres koşullarında aktive olan ve dirence sebebiyet veren bu yolakların ve ilgili moleküllerin dirençli PC3-R hücrelerinde değil, parental PC3-P hücrelerinde bir sağkalım mekanizması olarak aktive oldukları gözlenmiştir. PC3-R hücrelerindeki bortezomib direncinin ilacın bağlandığı PSMB5 enziminde meydana gelen bir mutasyondan kaynaklanabileceği düşünülmektedir. PC3-P ve PC3-R hücrelerinde yapılan senesens deneyleri sonucunda, senesens markerlerinin bortezomib muamelesi sonucunda ekseriyetle azaldığı gözlenmiştir ve bu sebeple bortezomibin bir senolitik etkisinin olabileceği öne sürülmektedir. Buna ek olarak PC3-R hücrelerinde senesens, PC3-P hücrelerine göre daha az görülmektedir ve bunun ilaç direncine bir katkısı olabilir. Son olarak, literatüre göre ERK1 ve ERK2 proteinlerinin fonksiyonel olarak işlevlerinin aynı olup olmadığı hakkında tartışmalar vardır. Tez çalışmamızda bortezomib muamelesinden sonra ERK1 fosforilasyonlarının artarken ERK2 fosforilasyonlarının azaldığı görülmüştür. Bu olay, ERK1 ve ERK2’nin farklı regüle edilebildiğini ve bu sebeple farklı işlevler görebileceklerine işaret etmektedir.Item Roles of novel IL-1 family (IL-36, IL-37, and IL-38) members in chronic brucellosis(Academic Press, 2020-11) Demir, Nesrin; Çağan, Eren; Hız, Pınar; Kanbur, Ertan; Akalın, Halis; Pashazadeh, Mehrdat; Bal, Salih Haldun; Oral, Haluk Barbaros; Budak, Ferah; Tezcan, Gülçin; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Diş Hekimliği Fakültesi/Temel Bilimler Bölümü/Temel Bilimler Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Temel Tıp Bilimleri/İmmünoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-8399-8942; 0000-0003-0463-6818; 0000-0001-7625-9148; 0000-0002-5956-8755; EZA-7505-2022; AAU-8952-2020; DLI-4479-2022; HJY-9001-2023; K-7285-2012; F-4657-2014; AAH-3843-2020; 57189853087; 57218292727; 57207553671; 48461762300; 57191480128; 7004498001; 6701913697; 25650627600The secretion of interleukin (IL)-1 family cytokines is one of the most potent and earliest pro-inflammatory responses triggered by brucellosis. However, the roles of the most recently discovered IL-1 family members, IL-36, IL-37, and IL-38, in the transition into the chronic form of brucellos is remain largely unknown. Therefore, in this study, the roles of IL-36, IL-37, and IL-38 in brucella infections and their effects on the transition from the acute to chronic form of the disease were investigated. Using peripheral blood samples from 40 patients with acute brucellosis, 40 patients with chronic brucellosis, and 40 healthy control subjects, we analysed the serum concentrations of secreted IL-36, IL-37, and IL-38 using ELISA. The findings were confirmed by using RT-qPCR to analyse the mRNA levels of the genes encoding IL-36, IL-37, and IL-38 in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from 10 randomly selected patients from each of the three groups. Our results showed that serum IL-37 (p < 0.001) and IL-38 (p < 0.001) concentrations were lower in patients with brucellosis than in the healthy controls. In addition, serum IL-37 and IL-38 concentrations were higher in the chronic patient group than in the acute patient group. The mRNA expression levels of IL-37 and IL1F10, genes that encode IL-38, did not affect serum cytokine secretion levels. This result suggests that the high secretion levels of IL-37 and IL-38 may be related to the progression into the chronic form of brucellosis. Our findings will aid in clarifying the mechanism of the transition of brucellosis from the acute to the chronic form of the disease.Item SSR moleküler işaretleyicileri kullanılarak Türkiye'de yetiştiriciliği yapılan soğan çeşitleri arasındaki genetik ilişkinin belirlenmesi.(Uludağ Üniversitesi, 2015-10-23) Kanbur, Ertan; İpek, Ahmet; Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı.Bu araştırmada Ülkemizde yaygın olarak soğan (A. cepa L.) üretiminde kullanılan soğan çeşitleri arasındaki genetik ilişkinin SSR moleküler işaretleyicileri ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırma kapsamında otuz altı adet soğan çeşidinin tohumları dokuz farklı firmadan temin edilmiştir. Soğan çeşitleri arasındaki genetik farklılık analizleri için 18 adet SSR moleküler işaretleyicileri kullanılmıştır. Dice benzerlik katsayısına göre elde edilen verilerden genetik benzerlik matrisi hesaplanmıştır. Analizleri yapılan soğan çeşitleri arasındaki genetik benzerlik %52 ile %95 arasında değişmiştir. Benzerlik matrisine göre oluşturulan UPGMA dendogramına göre %80 ve üzerinde benzerlik gösteren dokuz grup, %90 ve üzerinde benzerlik gösteren beş grup tespit edilmiştir. İki firmanın soğan çeşitleri arasındaki genetik benzerlik diğerlerine göre daha fazladır ve %80 ve üzerinde benzeyen dokuz gruptan dört tanesi bu iki firmaya ait soğan çeşitleridir. Farklı iki firma tarafından farklı isimler altında satılan iki soğan çeşidi arasındaki benzerlik %95 bulunmuştur. Bu durum benzer genotipe sahip bitkilerin her iki firma tarafından çoğaltılıp satıldığına işaret etmektedir. Soğan bitkisinin açık tozlaşan bir bitki olduğu düşünüldüğünde çeşitler arasında benzerliğin çok yüksek olduğu tespit edilmiştir.Publication The ubiquitin-proteasome pathway and epigenetic modifications in cancer(Bentham Science Publ Ltd, 2021-01-01) Yerlikaya, Azmi; Kanbur, Ertan; Stanley, Bruce A.; Tümer, Emrah; Kanbur, Ertan; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmünoloji Ana Bilim Dalı; 0000-0001-8399-8942; AAW-6971-2021Background: The ubiquitin-proteasome pathway is involved in almost all cellular processes (cell cycle, gene transcription and translation, cell survival and apoptosis, cell metabolism and protein quality control) mainly through the specific degradation of the majority of intracellular proteins (>80%) or partial processing of transcription factors (e.g., NF-kappa B). A growing amount of evidence now indicates that epigenetic changes are also regulated by the ubiquitin-proteasome pathway. Recent studies indicate that epigenetic regulations are equally crucial for almost all biological processes as well as for pathological conditions such as tumorigenesis, as compared to non-epigenetic control mechanisms (i.e., genetic alterations or classical signal transduction pathways).Objective: Here, we reviewed the recent work highlighting the interaction of the ubiquitin-proteasome pathway components (e.g., ubiquitin, E1, E2 and E3 enzymes and 26S proteasome) with epigenetic regulators (histone deacetylases, histone acetyltransferases and DNA methyltransferases).Results: Alterations in the regulation of the ubiquitin-proteasome pathway have been discovered in many pathological conditions. For example, a 2- to 32-fold increase in proteasomal activity and/or subunits has been noted in primary breast cancer cells. Although proteasome inhibitors have been successfully applied in the treatment of hematological malignancies (e.g., multiple myeloma), the clinical efficacy of the proteasomal inhibition is limited in solid cancers. Interestingly, recent studies show that the ubiquitin-proteasome and epigenetic pathways intersect in a number of ways through the regulation of epigenetic marks (i.e., acetylation, methylation and ubiquitylation).Conclusion: It is therefore believed that novel treatment strategies involving new generation ubiquitin-proteasome pathway inhibitors combined with DNA methyltransferase, histone deacetylase or histone acetyltransferase inhibitors may produce more effective results with fewer adverse effects in cancer treatment as compared to standard chemotherapeutics in hematological as well as solid cancers.Item The ubiquitin-proteasome pathway and resistance mechanisms developed against the proteasomal inhibitors in cancer cells(Bentham Science Publications, 2020) Yerlikaya, Azmi; Kanbur, Ertan; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İmmünoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-8399-8942; AAW-6971-2021; 57218292727Background: The ubiquitin-proteasome pathway is crucial for all cellular processes and is, therefore, a critical target for the investigation and development of novel strategies for cancer treatment. In addition, approximately 30% of newly synthesized proteins never attain their final conformations due to translational errors or defects in post-translational modifications; therefore, they are also rapidly eliminated by the ubiquitin-proteasome pathway. Objective: Here, an effort was made to outline the recent findings deciphering the new molecular mechanisms involved in the regulation of ubiquitin-proteasome pathway as well as the resistance mechanisms developed against proteasome inhibitors in cell culture experiments and in the clinical trials. Results: Since cancer cells have higher proliferation rates and are more prone to translational errors, they require the ubiquitin-proteasome pathway for selective advantage and sustained proliferation. Therefore, drugs targeting the ubiquitin-proteasome pathway are promising agents for the treatment of both hematological and solid cancers. Conclusion: A number of proteasome inhibitors are approved and used for the treatment of advanced and relapsed multiple myeloma. Unfortunately, drug resistance mechanisms may develop very fast within days of the start of the proteasome inhibitor-treatment either due to the inherent or acquired resistance mechanisms under selective drug pressure. However, a comprehensive understanding of the mechanisms leading to the proteasome inhibitor-resistance will eventually help the design and development of novel strategies involving new drugs and/or drug combinations for the treatment of a number of cancers.