Browsing by Author "Karakeçili, Faruk"
Now showing 1 - 7 of 7
- Results Per Page
- Sort Options
Publication Chronic granulomatous disease diagnosed in adulthood(Turkish Soc Immunology, 2015-12-01) Karakeçili, Faruk; Akın, Hicran; Pekgöz, Murat; Mistik, Reşit; Oral, Haluk Barboros; ORAL, HALUK BARBAROS; Akalın, Halis; AKALIN, EMİN HALİS; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/ Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/İç Hastalıkları Anabilim Dalı.; 0000-0002-7368-7187; 0000-0003-0463-6818; 0000-0001-7530-1279; AAU-8952-2020; K-7285-2012Chronic granulomatous disease (CGD) is a rare, genetically heterogeneous disease characterized by severe infections that can be life threatening. The disease develops due to defects in nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) oxidase system. It is characterized by granuloma formation depending on recurrent infections and increased inflammatory response. Lung, skin, lymph nodes, and liver are the most involved organs. Nitroblue tetrazolium test (NBT) is the most frequently used test in screening. In this article, a chronic granulomatous disease case diagnosed in adulthood and having recurrent liver and lung abscesses is reported in light of the literature. A 22-year-old male patient was admitted to our polyclinic with high fever for two weeks. Patient's family history was received in terms of CGD and NBT was carried out. Patient's NBT result was negative (0%) twice. The patient was administered empiric ceftriaxone and metronidazole treatment. Abscess drainage was planned for the patient diagnosed as CGD as a result of the analyses. The patient who developed fever response and whose laboratory values improved was discharged proposing polyclinic control with trimethoprim/ sulfamethoxazole and itraconazole prophylaxis. This case indicates that, although rarely, CGD might be diagnosed in adulthood in our country where consanguineous marriage and hereditary diseases are common.Publication Fatal cryptococcal meningitis in a patient with chronic lymphocytic leukemia(Pagepress Publ, 2012-01-01) Dizdar, Oğuzhan Sıtkı; Karakeçili, Faruk; Coşkun, Belkıs Nihan; COŞKUN, BELKIS NİHAN; Ener, Beyza; ENER, BEYZA; Ali, Rıdvan; ALİ, RIDVAN; Mistik, Reşit; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Dahiliye Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Hemotoloji Anabilim Dalı.; D-6213-2013; AAG-8523-2021; AAG-7155-2021Patients with chronic lymphocytic leukemia (CLL) are susceptible to infections, especially opportunistic infections. We have described a patient with CLL who had cryptococcal meningitis. Despite lack of previous immunosuppressive treatment history, the patient experienced serious and fatal fungal infection. Physicians should be alert for a diagnosis of cryptococcal meningitis in patient with CLL who developed fever and headache.Item Molecular subtyping of vancomycin resistant enterococcus: A comparison of two molecular methods(Corbone Editore, 2016-09-02) Karakeçili, Faruk; Karagöz, Alper; Jefferies, Meryem; Çıkman, Aytekin; Cilo, Burcu Dalyan; Özakın, Cüneyt; Akalın, Halis; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-5428-3630; AAU-8952-2020; IVV-5845-2023; AAG-8392-2021; 56364338600; 57207553671; 57200678942Introduction: Arbitrarily Primed-Polymerase Chain Reaction (AP-PCR) and Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) are widely used genotyping methods for investigating outbreaks of infections. The aim of this research is to compare AP-PCR with PFGE, which is known as the gold standard method, and to determine if AP-PCR is suitable for use in outbreaks.Materials and methods: Between 2001 and 2009, 664 isolated vancomycin resistant enterococcus (VRE) strains were determined at the Bacteriology Laboratory, Department of Medical Microbiology. During nine years study 5 peak periods were identified. In each peak period of 3 months, 83 VRE strains were selected from the 664 for this research. For all isolates a comparison of AP-PCR and PFGE using 83 VRE strains was performed.Results: Enterococcus faecium was found to be the dominant species in all VRE isolated from hospitalized patients. 83 strains of E. faecium were included in the study, which were isolated from 5 different possible epidemic periods over 9 years. 15 different clonal strains were collected using the AP-PCR method and 11 using PFGE.Conclusion: AP-PCR was found to be repeatable and had a better separation power than PFGE. FPGE though is a simpler, cheaper and faster method and can be used for VRE epidemics as an alternative method. In future epidemiological outbreaks the comparative molecular methods are more reliable than a single method.Publication Real-world data from Turkey: Is sofosbuvir/ledipasvir with or without ribavirin treatment for chronic hepatitis c really effective?(Aves, 2021-02-01) Demirtürk, Neşe; Aygen, Bilgehan; Çelik, İlhami; Mıstık, Reşit; Akhan, Sıla; Barut, Şener; Ural, Onur; Batırel, Ayşe; Şimşek, Funda; Ersöz, Gülden; İnan, Dilara; Kınıklı, Sami; Türker, Nesrin; Bilgin, Hüseyin; Gürbüz, Yunus; Tülek, Necla; Tarakcı, Hüseyin; Yıldız, Orhan; Türkoğlu, Emine; Güzel, Deniz Kamalak; Şimşek, Sümeyra; Tuna, Nazan; Demir, Nazlım Aktuğ; Çağatay, Atahan; Çetinkaya, Rıza Aytaç; Karakeçili, Faruk; Hakyemez, İsmail Necati; Ertem, Günay Tuncer; Örmen, Bahar; Korkmaz, Pınar; Şili, Uluhan; Kuruüzüm, Ziya; Şener, Alper; Özel, Selcan Arslan; Öztürk, Sinan; Süer, Kaya; Çelen, Mustafa Kemal; Konya, Petek; Asan, Ali; Saltoğlu, Neşe; Doğan, Nurhan; Şimşek, Sümeyra; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; DTA-4765-2022Background: In this study, we aimed to investigate the efficacy and safety of sofosbuvir-based therapies in the treatment of chronic hepatitis C in real-world clinical practice.Methods: Data from patients with chronic hepatitis C treated with SOF/LDV +/- RBV or SOF/RBV in 31 centers across Turkey between April 1, 2017, and August 31, 2018, were recorded in a nationwide database among infectious disease specialists. Demographics, clinical, and virological outcomes were analyzed.Results: A total of 552 patients were included in the study. The mean age of the patients was 51.28 +/- 14.2, and 293 (55.8%) were female. The majority had HCV genotype 1b infection (65%), 75.04% of the patients underwent treatment, and non-cirrhosis was present at baseline in 381 patients (72.6%). SOF/LDV +/- RBV treatment was given to 477 patients and 48 patients received SOF/RBV according to HCV genotype. The total SVR12 rate was 99% in all patients. Five patients experienced disease relapse during the study and all of them were genotype 2. In patients infected with HCV GT2, SVR12 was 77.3%. SVR was 100% in all patients infected with other HCV genotypes. All treatments were well tolerated by patients without causing severe adverse events. Side effects and side effects-associated treatment discontinuation rates were 28.2% and 0.4%, respectively. Weakness (13.7%) was the common side effect.Conclusion: The present real-world data of 525 patients with HCV genotypes 1, 1a, 1b, 3, 4, and 5 who underwent SOF/LDV +/- RBV treatment in Turkey demonstrated a high efficacy and safety profile. HCV GT2 patients should be treated with more efficacious treatment.Item Real-world efficacy, safety, and clinical outcomes of ombitasvir/paritaprevir/ritonavir ± dasabuvir ± ribavirin combination therapy in patients with hepatitis C virus genotype 1 or 4 infection: The Turkey experience experience(AVES, 2020-04) Aygen, Bilgehan; Demirtürk, Neşe; Yıldız, Orhan; Çelen, Mustafa Kemal; Çelik, İlhami; Barut, Şener; Ural, Onur; Batırel, Ayşe; Şimşek, Funda; Aşan, Ali; Ersöz, Gülden; Türker, Nesrin; Bilgin, Hüseyin; Kınıklı, Sami; Karakeçili, Faruk; Zararsız, Gökmen; Mıstık, Reşit; Bursa Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; DFY-3761-2022; 6602564624Background/Aims: mbitasvir/paritaprevir/ritonavir (OMV/PTV/r) +/- dasabuvir (DSV) +/- ribavirin (RBV) combination has demonstrated excellent rates of sustained virologic response (SVR) and a very good safety profile in patients with the chronic hepatitis C virus (HCV) genotype 1 or 4 infections. We aimed to investigate the effectiveness and safety of OMV/PTV/r +/- DSV +/- RBV combination regimen in a real-world clinical practice.Materials and Methods: Data from HCV genotype 1 and 4 patients treated with OMV/PTV/r +/- DSV +/- RBV (n=862) in 34 centers across Turkey between April 1, 2017 and August 31, 2018 were recorded in a large national database. Demographic, clinical, and virologic data were analyzed.Results: The mean age of the patients was 55.63, and 430 patients (49.9%) were male. The majority had HCV genotype 1b infection (77.3%), and 66.2% were treatment-naive. Non-cirrhosis was present at baseline in 789 patients (91.5%). SVR12 rate was 99.1% in all patients. Seven patients had virologic failure. No significant differences were observed in SVR12 according to HCV genotypes. HCV RNA was undetectable at treatment week 4 in 90.9%, at treatment week 8 in 98.5%, and at the end of treatment (EOT) in 98.9%. SVR12 ratio was significantly higher in the non-cirrhotic patients compared to that in the compensated cirrhotic patients. Rates of adverse events (AEs) in the patients was 59.7%.Conclusion: The present real-life data of Turkey for the OBV/PTV/r +/- DSV +/- RBV treatment of patients with HCV genotype 1b, 1a, or 4 infection from 862 patients demonstrated high efficacy and a safety profile.Item Salmonella serotiplerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile belirlenmesi(Ankara Mikrobiyoloji Derneği, 2013-10) Karakeçili, Faruk; Güleşen, Revasiye; Levent, Belkis; Cilo, Burcu Dalyan; Özakın, Cüneyt; Gedikoğlu, Suna; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0001-5428-3630; AAG-8392-2021; 36620979500; 57200678942; 55966592900Salmonella enterica serotiplerinin belirlenmesi epidemiyolojik çalışmalar açısından önem taşımaktadır. Salmonella serotipleri, hücre duvarında yer alan somatik (O) ve flajel (H) antijenleri temel alınarak belirlenir. Bu çalışmanın amacı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (mPCR) yöntemi ile belirlenen moleküler serotiplendirme sonuçlarının konvansiyonel serotiplendirme sonuçları ile karşılaştırılmasıdır. Konvansiyonel serotiplendirme Ulusal Enterik Patojenler Laboratuvar Sürveyans Ağı (UEPLA) kapsamında Sağlık Bakanlığı Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı'nda yapılmıştır. Referans laboratuvarı tarafından 14 farklı serotipte tanımlanmış toplam 100 Salmonella suşu, Salmonella serogrupları (A, B, C1, D, E) ve Vi antijen gen bölgelerine özgü primerler kullanılarak mPCR yöntemi ile moleküler olarak serogruplandırılmıştır. H antijenleri (H: a, -b, -d, -g,m, -i, -r, -z10) ve iki antijen kompleksinde yer alan (H: 1,2, -1,5, -1,6, - 1,7 ve H: enx, enz15) antijenleri kodlayan fliC ve fliB genlerine yönelik ardışık dört mPCR yöntemi uygulanarak serotipler belirlenmiştir. Multipleks PCR sonuçları, konvansiyonel yöntem ile belirlenen serogruplar ile %100 uyum göstermiş; serogruplara yönelik mPCR’nin duyarlılık ve özgüllüğü %100 olarak bulunmuştur. Moleküler yöntemle elde edilen antijenik formüle göre belirlenen serotiplendirmede; 2 (%2) izolatta kesin sonuç, 91 (%91) izolatta muhtemel sonuç, 7 (%7) izolatta ise tamamlanamayan formül elde edilmiştir. Klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında en sık izole edilen Salmonella serotipleri olan S.Enteritidis, S.Typhimurium ve S.Paratyphi için moleküler serotiplendirme sonuçları muhtemel sonuç olarak de ğerlendiriliştir. Bu serotipler için mPCR ile elde edilen antijenik formüle göre belirlenen muhtemel sonuçlar epidemiyolojik veriler göz önünde bulundurularak yorumlandığında elde edilen sonuçların konvansiyonel serotiplendirme sonuçları ile uyumlu olduğu gözlenmiştir. Moleküler yöntem ile kesin sonuç elde edilen S.Typhi’nin serogruplandırma ve serotiplendirilmesi açısından mPCR’nin duyarlılığı %100 olarak bulunmuştur. Multipleks PCR klinik laboratuvarlarda izole edilen suşların tanımlanmasında konvansiyonel serotiplendirmeye göre daha ucuz ve daha hızlı bir yöntem olarak değerlendirilmektedir. Moleküler tiplendirme ile bütün serotiplerin kesin olarak belirlenmesi mümkün olmadığından, bugün için moleküler tiplendirme konvansiyonel serotiplendirmenin alternatifi değildir. Ancak konvansiyonel serotiplendirme sonuçları alınıncaya kadar veri sunması bakımından yararlı görünmektedir.Item Vankomisine dirençli enterokoklarda moleküler epidemiyolojik analiz(Uludağ Üniversitesi, 2011) Karakeçili, Faruk; Özakın, Cüneyt; Uludağ Üniversitesi/Tıp Fakültesi/Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı.Enterokoklar, birçok bakteri türünde bulunan virülans faktörlerine sahip olmamalarına rağmen çevre şartlarına oldukça dirençlidir. Çeşitli antibiyotiklere karşı doğal veya kazanılmış direnç göstermeleri, enterokokların son yıllarda nozokomiyal enfeksiyonlarda önemli etyolojik ajanlar arasında yer almasına neden olmuştur. Vankomisine dirençli enterokok (VRE) enfeksiyonlarının kontrolünde, bu bakteri ile kolonize olan hastaların erken tespiti ve nozokomiyal salgın ile ilişkilerinin gösterilmesi önemlidir. Nozokomiyal epidemiler sırasında izole edilen VRE suşları arasındaki klonal ilişkinin tespiti için moleküler yöntemler kullanılmalıdır. Pulsed Field Jel Elektroforezi (PFGE); nozokomiyal salgın sürveyansında, salgın suşları arasındaki ilişkinin gösterilmesi ve salgın kaynağının tespitinde ?altın standart? yöntem olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmada hastanede yatan hastalardan izole edilen VRE suşlarının, hastane enfeksiyonları epidemiyolojisi açısından PFGE ve Arbitrarily primed-PCR (AP-PCR) yöntemleri kullanılarak klonal ilişkilerinin tespiti amaçlanmıştır.Ocak 2001 ile Aralık 2009 yılları arasında hastanede yatan hasta örneklerinden izole edilen tüm VRE türleri içinde Enterococcus faecium'un %98'lik bir oranla baskın tür olduğu saptandı. Çalışmaya 9 yıllık periyot boyunca, 5 ayrı muhtemel epidemi döneminde izole edilen suşlardan 83 adet E. faecium suşu dahil edildi. Tüm suşların yüksek düzey glikopeptit direncine sahip olduğu saptandı.PFGE yöntemiyle 2001 ile 2002 yılı epidemilerinde izole edilen birçok suş arasında anlamlı benzerlik olduğu, bu klonun varlığını uzun süre koruduğu ve bu iki epidemi döneminde baskın hale geldiği saptandı. Diğer 3 epidemi döneminde izole edilen suşların kendi içinde benzediği, ancak farklı epidemiler arasında anlamlı bir suş benzerliği olmadığı belirlendi. Özellikle 2009 yılındaki epidemi döneminde tüm suşların tek bir klonal kümede toplandığı, daha önce hasta örneklerinde izole edilmeyen yeni bir suşun tüm hastaneye yayıldığı saptandı.PFGE, ayrım gücü yüksek, tekrarlanabilirliği çok iyi, laboratuvarlar arası standardize edilebilen ve salgın sürveyansında güvenilir bilgiler sunan bir moleküler epidemiyolojik yöntem olarak değerlendirildi.