Browsing by Author "Tepedelen, Burcu Erbaykent"

Now showing 1 - 10 of 10

Bor bileşiklerinin DNA hasarı ve onarımındaki rolünün benign prostat hiperplazisi (BPH-1) hücrelerinde araştırılması
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2021-08-18) Yay, Yusuf; Tepedelen, Burcu Erbaykent; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı.; 0000-0002-5617-7062
Benign Prostat Hiperplazisi sık bir şekilde erkeklerde görülen benign bir adenomdur ve mesane çıkımında tıkanıklığa sebep olmaktadır. En yaygın görülen etkileri ise prostat büyümesi, prostat genişlemesi ve düşük üriner sistemi semptomlarıdır. Farklılaşmada, senesens, apoptoz ve proliferasyondaki değişiklikleri içeren kompleks hücresel değişimler sonucu meydana gelmekte ve özellikle kronik enflamasyon süreci ile ilişkili olarak gelişim göstermektedir. Çift zincir kırıkları diğer lezyonlar kadar sık ortaya çıkmasalar da tamir mekanizması oldukça zor olduğundan son derece toksik lezyonlardır. Çift iplik kopmalarına endojen veya ekzojen DNA hasar ajanları aracılık edebilir. Hidrojen peroksit gibi reaktif oksijen türlerinin veya irinotekan, doksorubisin ve etoposit gibi topoizomeraz I ve II'nin aracılık ettiği DNA'nın ligasyonunu engelleyen ajanların oluşumu çift zincir kırıklarına yol açar. Serin 139 amino asit üzerindeki histon H2AX fosforilasyonu, çift zincir kırıklarının mevcudiyeti için spesifik bir gösterge olarak kabul edilir. Bor, çeşitli yapısal ve fonksiyonel rolleri ile biyokimyasal yolakları destekleyen yararlı bir biyoaktif gıda bileşeni ve hayvanlar ve insanlar için gerekli olan bir iz elementtir. Hayvan çalışmaları ve sınırlı sayıda epidemiyolojik çalışmada, borun çeşitli metabolik aktiviteler üzerine etki ederek sağlığa yararlı etkileri olduğu gösterilmiştir. Bor ve türevlerinin anti-enflamatuvar ve immün yanıt düzenleyici özellikleri sebebiyle, BPH benzeri hastalıkların tedavisinde potansiyel olarak kullanılabileceği öngörülmektedir. Bütün bu bilgiler kapsamında çalışmada BPH-1 hücre hattında bor ve türevlerinin DNA hasarı üzerindeki etkisinin moleküler seviyede incelenmesi amaçlanmıştır. İlk olarak BPH-1 hücrelerine BA (Borik Asit) ve BO (Bor Oksit) uygulanarak sitotoksisite denemeleri gerçekleştirildi. Uygun zaman ve konsantrasyon değerlerinin belirlenmesinin ardından BA ve BO'in DNA hasarı ve onarımı üzerine etkisi pH2AX, pATM, pATR ve p53 protein seviyelerine bakılarak western-blot yöntemiyle analiz edildi. Bunun yanı sıra immünofloresan görüntüleme yapılarak pH2AX ve pATM odak sayımlarıyla DNA hasarı miktarı ölçüldü. Tez çalışması çerçevesinde azalan H2AX odak oluşumları nedeniyle BA ve BO’in BPH-1 hücrelerinde doksorubisin ve H2O2 ile yaratılan DNA hasarını azaltabileceği ve koruyucu bir rol oynayabileceği sonucuna varıldı.
Divergent modulation of proteostasis in prostate cancer
(Springer, 2020-04-10) Kırmızıbayrak, Petek Ballar; Gözen, Oğuz; Erzurumlu, Yalçın; Barrio, R; Sutherland, JD; Rodriguez, MS; Tepedelen, Burcu Erbaykent; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü.; CNH-6913-2022; 47860936500
Proteostasis regulates key cellular processes such as cell proliferation, differentiation, transcription, and apoptosis. The mechanisms by which proteostasis is regulated are crucial and the deterioration of cellular proteostasis has been significantly associated with tumorigenesis since it specifically targets key oncoproteins and tumor suppressors. Prostate cancer (PCa) is the second most common cause of cancer death in men worldwide. Androgens mediate one of the most central signaling pathways in all stages of PCa via the androgen receptor (AR). In addition to their regulation by hormones, PCa cells are also known to be highly secretory and are particularly prone to ER stress as proper ER function is essential. Alterations in various complex signaling pathways and cellular processes including cell cycle control, transcription, DNA repair, apoptosis, cell adhesion, epithelial-mesenchymal transition (EMT), and angiogenesis are critical factors influencing PCa development through key molecular changes mainly by posttranslational modifications in PCa-related proteins, including AR, NKX3.1, PTEN, p53, cyclin D1, and p27. Several ubiquitin ligases like MDM2, Siah2, RNF6, CHIP, and substrate-binding adaptor SPOP; deubiquitinases such as USP7, USP10, USP26, and USP12 are just some of the modifiers involved in the regulation of these key proteins via ubiquitin-proteasome system (UPS). Some ubiquitin-like modifiers, especially SUMOs, have been also closely associated with PCa. On the other hand, the proteotoxicity resulting from misfolded proteins and failure of ER adaptive capacity induce unfolded protein response (UPR) that is an indispensable signaling mechanism for PCa development. Lastly, ER-associated degradation (ERAD) also plays a crucial role in prostate tumorigenesis. In this section, the relationship between prostate cancer and proteostasis will be discussed in terms of UPS, UPR, SUMOylation, ERAD, and autophagy.
Effect of long-term centrally ınjected histamine and ıts receptors antagonist on the hypothalamic cyclooxygenase and lipoxygenase enzymes in rats
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2019-10-01) Altınbaş, Burçin; Baş, Ayşenur; Bayram, Gökçen Güvenç; Özyurt, Ebru; Yalçın, Ebru; Tepedelen, Burcu Erbaykent; Ersoy, Figen; Yalçın, Murat; Bursa Uludağ Üniversitesi/Veteriner Fakültesi.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü.; 0000-0002-7825-4823; 0000-0002-1413-3651; 0000-0003-1591-510X; 0000-0003-1591-510X; 0000-0003-1591-510X; 0000-0003-1591-510X; 0000-0003-1756-1288
The current study was designed to determine the effect of centrally chronic-administrated histamine and histaminergic receptors antagonist on the level of hypothalamic cyclooxygenase (COX) and lipoxygenase (LOX) enzymes. Studies were performed in male Sprague–Dawley rats. Histamine (100 nmol), histaminergic H1 receptor antagonist chlorpheniramine (100 nmol), histaminergic H2 receptor antagonist ranitidine (100 nmol) or histaminergic H3/H4 receptor antagonist thioperamide (100 nmol) was injected intracerebroventricularly for 7 days. Central chronic histamine treatment caused increases in the levels of all three enzymes in the hypothalamus. Central chronic treatments with all three histaminergic receptors antagonists reduced the hypothalamic COX-1 levels and raised the hypothalamic COX-2 and LOX levels. In conclusion, our findings show that the central histamine has a possible role to affect the central COX and LOX pathways. This could be interpreted as that central histaminergic system might have a potential to activate central COX and LOX pathways to regulate central nervous system functions.
Epigallocatechin-3-gallate reduces the proliferation of benign prostatic hyperplasia cells via regulation of focal adhesions
(Elsevier, 2017-10-11) Soya, Elif; Korkmaz, Mehmet; Tepedelen, Burcu Erbaykent; Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü.; AAH-6436-2021; 47860936500
Aims: Benign prostatic hyperplasia (BPH) is the most common urological disease that is characterized by the excessive growth of prostatic epithelial and stromal cells. Pharmacological therapy for BPH has limited use due to the many side effects so there is a need for new agents including natural compounds such as epigallocatechin-3-gallate (EGCG). This study was undertaken to assess the role of EGCG, suppressing the formation of BPH by reducing inflammation and oxidative stress, in cytoskeleton organization and ECM interactions via focal adhesions. Main methods: We performed MTT assay to investigate cell viability of BPH-1 cells, wound healing assay to examine cell migration, immunofluorescence assay for F-actin organization and paxillin distribution and finally immunoblotting to investigate focal adhesion protein levels in the presence and absence of EGCG. Key findings: We found that EGCG inhibits cell proliferation at the concentration of 89.12 mu M, 21.2 mu M and 2.39 mu M for 24, 48 and 72 h, respectively as well as inhibitory effects of EGCG on BPH-1 cell migration were observed in a wound healing assay. Furthermore, it was determined by immunofluorescence labeling that EGCG disrupts F-actin organization and reduces paxillin distribution. Additionally, EGCG decreases the activation of FAK (Focal Adhesion Kinase) and the levels of paxillin, RhoA (Ras homolog gene family, member A), Cdc42 (cell division cycle 42) and PAK1 (p21 protein-activated kinase 1) in a dose-dependent manner. Significance: For the first time, by this study, we found evidence that BPH-1 cell proliferation could be inhibited with EGCG through the disruption of cytoskeleton organization and ECM interactions. Consequently, EGCG might be useful in the prevention and treatment of diseases characterized by excessive cell proliferation such as BPH.
Exploring of tumor-associated carbonic anhydrase isoenzyme IX and XII inhibitory effects and cytotoxicities of the novel N-aryl-1-(4-sulfamoylphenyl)-5-(thiophen-2-yl)-1 H-pyrazole-3-carboxamides
(Elsevier, 2021-08-05) Yamali, Cem; Gül, Halise İnci; Özli, Gülsen; Angeli, Andrea; Kırmızıbayrak, Petek Ballar; Tepedelen, Burcu Erbaykent; Sakagami, Hiroshi; Bua, Silvia; Supuran, Claudiu T.; Tepedelen, Burcu Erbaykent; Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü; AAH-6436-2021
A series of novel N-aryl-1-(4-sulfamoylphenyl)-5-(thiophen-2-yl)-1H-pyrazole-3-carboxamides was synthesized and examined as inhibitors of cytosolic (human) hCA I and hCA II, and cancer-related transmembrane hCA IX and hCA XII isoenzymes. AC2 was the most selective inhibitor towards cancer-related hCA IX while AC8 and AC9 selectively inhibited hCA XII over off-target isoenzymes. Anticancer effects of the compounds were evaluated towards human oral squamous cell carcinoma (OSCC) cell lines, human mesenchymal normal oral cells, breast (MCF7), prostate (PC3), non-small cell lung carcinoma cells (A549), and non-tumoral fetal lung fibroblast cells (MRC5). Compounds moderately showed cytotoxicity towards cancer cell lines. Among others, AC6 showed cell specific cytotoxic activity and induced apoptosis in a dose-dependent manner without a significant change in the cell cycle distribution of MCF7. These results suggest that pyrazole-3-carboxamides need further molecular modification to increase their anticancer drug candidate potency.
Investigating the effects of boric acid and disodium octaborate tetrahydrate on cell death in glioblastoma cell lines
(Wiley, 2018-07) Dalmızrak, Ayşegül; Ersöz, Elif; Çelik, Berrin; Korkmaz, Melissa; Tepedelen, Burcu Erbaykent; Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Biyoteknoloji Anabilim Dalı.; AAH-6436-2021
Meme kanseri hücrelerinde bor bileşiklerinin anti-enflamatuar etkisinin araştırılması
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2021-07-09) Okan, Erdinç İlkay; Tepedelen, Burcu Erbaykent; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı.; 0000-0003-0469-7581
Meme kanseri, süt bezi veya süt kanalındaki hücrelerde meydana gelen çeşitli etkenler sonucu kontrolsüz şekilde çoğalan ve başka organlara yayılma potansiyeli gösteren tümoral oluşumdur. Enflamatuvar meme kanseri ise nadir görülen ve hızla ilerleyen meme kanserinin en agresif formudur. Enflamatuvar meme kanserinin tümörogenezinde etkili olan sinyal yolakları ise NFκB, JAK-STAT3, COX2, IL-6, IL-8 ve IL-10’dur. Özelikle TNF-α ve IL-1 gibi pro-enflamatuvar sitokinler, bakteriyel ve viral ürünler ve hücresel stres gibi uyaranlar varlığında sinyal yolakları transkripsiyonel (NFκB aracılığıyla transkripsiyonel aktivasyon) ve posttranskripsiyonel (p38 MAPK aracılığıyla mRNA stabilizasyonu) seviyede IL-8 ekspresyonunu hızlı bir şekilde aktive etmektedir. İnsan organizmasına alınan bor ve türevlerinin vücut sıvılarında %96 oranında borik asit (B(OH)2) olarak temsil edildiği kabul edilmektedir. Bor, enflamasyon sürecinde artan enzimatik aktiviteleri azaltacak bir represyon sinyali olarak fonksiyon göstermekte ve enflamatuvar hastalıklara yakalanma riskini azaltmaktadır. Yapılan çalışmalar, borun anti-eflamatuvar ajan olarak rol oynayabileceğine dair kanıtlar sunmasına rağmen moleküler mekanizması henüz aydınlatılmış değildir. Bu tez çalışmasında, borik asit (BA) ve etidot 67 (ETD67) bor bileşiklerinin meme kanseri hücrelerinde antienflamatuvar etkileri araştırıldı. MTT hücre canlılığı testleri ile IC50 değerlerinin belirlenmesinin ardından TNF-α uygulanarak enflamatuvar ortam yaratılan MCF-7 hücrelerinde IL-8, IL-6, NFκB, IκBα gibi enflamasyon prosesinde rol oynayan moleküllerin qRT-PCR ve western blot metodolojileri ile transkripsiyonel ve translasyonel regülasyonları incelendi. Elde edilen sonuçlar ile bor bileşikleri varlığında sitokin salınımlarının azalabileceğine, NFκB sinyal yolağının aktivasyonunun engellenebileceğine ve PARP aracılığıyla apoptozun tetiklenebileceğine dair kanıtlar elde edildi. Özellikle ETD 67 olmak üzere bor bileşiklerinin meme kanseri gibi diğer kanser türlerinde anti-enflamatuvar ajanlar olarak rol oynayabileceği sonucuna varıldı.
Overexpression of dual-specificity phosphatases 4 and 13 attenuates transforming growth factor β1-induced migration and drug resistance in A549 cells in vitro
(Academic Press Inc Elsevier Science, 2022-03-23) Güler, Sabire; Altunok, Tuğba H.; Sarıoğlu, Aybike; Zik, Berrin; Aşmaz, Deniz; Kayapunar, Nuray; Sönmez, Öner; Tepedelen, Burcu Erbaykent; Yalçın, Abdullah; GÜLER, SABİRE; Altunok, Tuğba H.; Sarıoğlu, Aybike; ZIK, BERRİN; Aşmaz, Deniz; Kayapunar, Nuray; SÖNMEZ, ÖNER; Tepedelen, Burcu Erbaykent; YALÇIN, ABDULLAH; Bursa Uludağ Üniversitesi/Veteriner Fakültesi/Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Veteriner Fakültesi/Biyokimya Anabilim Dalı.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı.; 0000-0002-7367-6859; 0000-0003-1263-3799; 0000-0002-1062-332X; 0000-0001-8519-8375; 0000-0002-8287-6617; 0000-0001-6468-8535; AAH-8807-2021; KMY-2643-2024; S-2474-2018; AAH-9810-2021; HPG-0648-2023; GXM-5514-2022; DTN-7054-2022; AAH-6436-2021; ABI-4164-2020
Transforming growth factor-beta (TGF beta) proteins induce an epithelial-mesenchymal transition (EMT) programme that is associated with increased invasive and drug-resistant phenotype of carcinoma cells. In addition to the canonical pathway involving SMAD proteins, the mitogen-activated kinase (MAPK) pathway via extracellular signal-regulated kinases 1/2 (ERK1/2) is also involved in promoting and maintaining a mesenchymal phenotype by tumor cells following TGF beta signal activation. As dual-specificity phosphatases (DUSPs) regulate ERK1/2 activity by dephosphorylation, we aimed to examine DUSPs' expression upon TGF beta stimulation and whether DUSPs play a role in the EMT and related phenotypes promoted by TGF beta 1 in A549 cells. We found that TGF beta 1 stimulation led to marked changes in several DUSP proteins, including significant decreases in DUSP4 and DUSP13 expressions. We then showed that the ectopic co-expression of DUSP4/13 suppresses TGF beta 1-induced ERK1/2 phosphorylation and protein levels of the EMT transcription factors Snail and Slug proteins. We then demonstrated that DUSP4/13 co-expression partially inhibited TGF beta 1-promoted migration, invasion, and chemoresistance in A549 cells. Collectively, this report provides data for the involvement of DUSP4/13 in malignant phenotypes regulated by TGF beta 1 in A549 cells. (C) 2022 Elsevier Inc. All rights reserved.
Prostat kanseri hücrelerinde bor bileşiklerinin endoplazmik retikulum (ER) stresine olan etkisinin araştırılması
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2021-08-18) Çoksever, İrem; Tepedelen, Burcu Erbaykent; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı.; 0000-0002-8222-9399
Hücrenin en büyük organeli olan endoplazmik retikulum; protein sentezi ve transportu, protein katlanması, lipid ve steroid sentezi, karbonhidrat metabolizması ve kalsiyum depolanması gibi çok çeşitli roller üstlenmiştir. Hatalı formdaki proteinlerin ER lümeninde birikimi ise, serbest şaperon seviyelerini düşürerek “ER stresi” adı verilen süreci tetiklemektedir. Hücrelerin bu stres ile başa çıkabilmeleri ancak ER’nin protein katlama kapasitesini arttırması ve hatalı katlanan proteinlerin protein yıkım sürecine yönlendirilerek etkisiz hale getirilmesini sağlayan UPR adıyla bilinen yolağın devreye girmesiyle sağlanır. UPR yolağı, ER membranında BiP proteinine bağlı inaktif formda tutulan ve IRE1, ATF6 ve PERK olarak adlandırılan lokalize 3 adet transmembran özellikteki ER sensör proteini aracılığıyla kontrol edilmektedir. eIF2α fosforilasyonu ise hücrelerin strese nasıl yanıt vereceğine karar vermektedir. Orta seviyelerdeki fosforilasyon translasyonu kısa bir süreliğine durdurarak hatalı proteinlerin yeniden düzenlenmesine yol açarken, güçlü seviyedeki fosforilasyon apoptozu tetiklemektedir. Literatürde bor ile ilgili yapılmış olan çalışmalara bakıldığında bor bileşiklerinin prostat kanseri tedavisinde umut vaat eden bileşikler olduğu ancak gerek borik asit gerekse özel sentez bor bileşiklerinin prostat kanseri hücrelerindeki etkisine dair daha fazla çalışmanın yapılması gerekliliği olduğu görülmektedir. Bu tez çalışmasında, LNCaP prostat kanseri hücrelerinde ER stres ajanları kullanılarak, yeni sentez bor bileşiği M7’nin ER stresi-UPR sinyal yolağına olan etkileri ve moleküler hedefleri araştırıldı. Bu çalışma kapsamında M7’nin anti-proliferatif etkileri belirlendikten sonra, QRT-PCR ve Western Blot ile M7 varlığında ve yokluğunda belirlenen sinyal yolağındaki BiP, CHOP, eIF2α ve PERK gibi hedef genlerin ekspresyon değişiklikleri transkripsiyonel ve translasyonel olarak incelendi. Elde edilen veriler ile M7’nin ER stresini tetiklediği ve ayrıca ER stresi ajanları Tunikamisin ve Tapsigargin ile birlikte sinerjik etki gösterdiği belirlendi. Sonuç olarak M7 ile ER stresinin tetiklenerek proliferasyonun inhibe edilmesinin ve aynı zamanda prostat kanseri gelişiminde kritik rol oynayan AR sinyalinin bloke edilmesinin önemli bir terapi seçeneği sunabileceği düşünüldü.
A Src/Abl kinase inhibitor, bosutinib, downregulates and inhibits PARP enzyme and sensitizes cells to the DNA damaging agents
(Walter de Gruyter Gmbh, 2017-07-18) Kırmızıbayrak, Petek Ballar; İlhan, Recep; Yılmaz, Sinem; Günal, Selin; Tepedelen, Burcu Erbaykent; Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü.; AAH-6436-2021; 47860936500
Background: Poly(ADP-ribosyl)ation (PARylation) catalyzed mainly by PARP1 is a highly regulated posttranslational modification associated with several pathways in cellular physiology and genotoxic deoxyribonucleic acid (DNA) damage response. PAR polymers and PARP enzyme function in DNA integrity maintenance and several PARP inhibitors have entered clinical phase studies for cancer therapies. Material and methods: The effect of bosutinib, a dual Src/Abl kinase inhibitor, on PARylation was fluorometrically measured. The cytotoxic and chemosensitizing effects were assessed by 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide (MTT) assay. The levels of DNA repair proteins and PARP enzyme were examined by immunoblotting. Results: In this study, bosutinib is characterized as a novel PARP inhibitor. Bosutinib inhibited oxidative stress-induced cellular PARylation and nuclear foci formation by downregulating PARP1 levels. Bosutinib was found to be more cytotoxic on Capan1 cells with BRCA2 mutation. Furthermore by acting as a chemosensitizer, bosutinib enhanced the cytotoxicity of doxorubicin (DOXO) and etoposide (ETP) by decreasing phosphorylation of DNA repair enzymes checkpoint kinase 1 (Chk1) and ataxia-telangiectasia mutated (ATM). Conclusion: By inhibition of both PARP and DNA damage checkpoint kinases, bosutinib increased the phospho-H2AX levels, an early indicator of DNA double strand breaks.