Browsing by Author "Zeren, Behice"

Now showing 1 - 4 of 4

Optimization of culture medium for the production and partial purification and characterization of an antibacterial activity from brevibacillus laterosporus strain EA62
(Ars Docendi, 2019-07-01) Usta, Alev A. K.; Demirkan, Elif; Cengiz, Murat; Sevgi, Tuba; Zeren, Behice; Abdou, Maoulida; Usta, Alev A. K.; DEMİRKAN, ELİF; CENGİZ, MURAT; SEVGİ, TUBA; Zeren, Behice; Abdou, Maoulida; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen-Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü.; Bursa Uludağ Üniversitesi/Veteriner Fakültesi/Farmakoloji ve Toksikoloji Anabilim Dalı.; 0000-0002-5292-9482; ABI-4472-2020; ABE-5935-2020; IPA-7484-2023; ISY-3462-2023; EID-6407-2022; CAU-1487-2022
The present study was performed to report the bacterial identification, optimization of culture conditions and characterization of a novel antibiotic substance from a Bacillus sp. EA62 strain isolated from soil. The EA62 strain was identified based on 16S rRNA analysis. The new isolate EBD 9-1 showed 100% sequence identity with Brevibacillus laterosporus. The antibacterial activity of the new substance was examined against five pathogenic bacteria and was observed to be the most effective against Escherichia coli. An agar diffusion assay was performed to evaluate the antibacterial activity of the substance. The effects of some nutritional (amino acid, carbon, nitrogen and metal sources) and physical factors (pH and temperature) and incubation time on the antibiotic activity were studied. Antibiotic activity in basal medium reached the maximum levels after 72 h of incubation. The best antibiotic activity was obtained in the presence of glucose as a carbon source, yeast extract as a nitrogen source, glutamic acid as an amino acid source and MgSO4+CaCO3 as metal ion sources. For physical parameters, the best results were obtained at 37 degrees C, pH 7.0. The antibiotic substance was partially purified, and the estimated molecular weight was 6.3 kDa. The minimum inhibitory concentration (MIC) values determined against five pathogen bacteria were >256 mu g/ml. The substance was identified by thin-layer chromatography, and its Rf value was measured as 0.04 cm.
Strain improvement by UV mutagenesis for protease overproduction from bacillus subtilis E6-5 and nutritional optimization
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2018-08-01) Demirkan, Elif; Sevgi, Tuba; Gokoz, Meltem; Guler, Baran Enes; Zeren, Behice; Ozalpar, Busra; Abdou, Maoulida; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen Edebiyat Fakültesi/Biyoloji Bölümü.
The purpose of the present study was to enhance the protease production of the parental type Bacillus subtilis E6-5 by UV irradiation. The parental type was subjected to UV irradiation at different distances (5-15 cm) for different time intervals ( 1-120 min). After each treatment, total 400 mutants were obtained. The mutants were screened on skim milk agar plates for the selection of best proteolytic mutant. Among mutants, the mutant MET39, which obtained at 15 cm distance and irradiation time 5 min of exposure, was selected as best mutant produced 1.5 fold more enzyme over the parent strain. The effects of nutritional factors (various carbon, nitrogen sources and metal ions) on the protease production from MET39 mutant strain were studied. The best carbon source was found as glycerol. Among the inorganic nitrogen sources, the highest enzyme production was obtained in the presence of tryptone. The metal ions did not indicate significant effect on enzyme production. In order to enhance the yield, new modified medium was obtained by combining the best carbon and nitrogen sources. In this medium, enzyme yield was enhanced 88% compared to basal medium. MET39 mutant strain might have a great potential for protease production at industrial scale.
Topraktan izole edilen Bacillus megaterium EBD 9-1 suşundan fitaz geninin E.coli'de klonlanma çalışmaları
(Uludağ Üniversitesi, 2015-01-07) Zeren, Behice; Demirkan, Elif; Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Biyoloji Anabilim Dalı.
Bu çalışmada Türkiye'nin 30 farklı ilinden temin edilen toprak örneklerinden 300 adet bakteri izole edilmiştir. Bakterilerin morfolojik ve fizyolojik özellikleri incelenmiş ve 236 bakteri Bacillus cinsi olarak tanımlanmıştır. Bütün suşların fitaz aktiviteleri fitaz tarama ortamı (PSM) kullanılarak tespit edilmiş ve açık zonların çapı mm olarak gösterilmiştir. Toplam 19 Bacillus sp. suşu, fıtat parçalayıcı bir enzim olarak bilinen ekstraselüler fitaz üreticisi olarak bulunmuştur. Bu suşlar arasında, en geniş zona (11 mm) sahip 1 adet Bacillus sp. suşu seçilmiş ve Bacillus sp. EBD 9-1 olarak adlandırılmıştır. 16S rRNA dizi analizi sonucunda Bacillus sp. EBD 9-1 suşunun Bacillus megaterium ile %100 benzerlik gösterdiği tespit edilmiş ve yeni izolat Bacillus megaterium EBD 9-1 olarak adlandırılmıştır. Bacillus megaterium EBD 9-1 suşunun fitaz enzim geni E.coli DH5α suşunda klonlanmaya çalışılmıştır. Bacillus megaterium DSM319, Bacillus megaterium QM B1551 ve Bacillus megaterium WSH-002 suşlarının bütün genom sekansı NCBI veri bankasında mevcuttur. Ancak, bu sekansların içinde fitaza ait bir sekans bulunamamıştır. Bu sebeple, farklı Bacillus türlerinin fitaz sekansları hizalanmış ve bir çifti dejenere olmak üzere 2 primer çifti hazırlanmıştır. PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) sonucunda, sadece dejenere primer çiftleri kullanılarak amplifikasyon gerçekleştirilmiş ve üç bant (~900 bp, ~500 bp) görülmüştür. Çoğaltılan bu DNA fragmanları pGEM®-T Easy vektörüne ligasyon ile aktarılmıştır. Rekombinant plazmitlerin E.coli DH5α suşuna transformasyonu sağlanmış ve rekombinant plazmidi içeren saf E.coli DH5α suşunun plazmidleri izole edilmiştir. Klonlanmanın kontrolü için, rekombinant plazmid EcoRI restriksiyon endonükleaz enzimi ile kesilmiş ve beklenen boydaki bantlar agaroz jel profilinde gözlenmiştir. İzole edilen plazmidler T7 primeri ve ABI PRISM-310 Genetic Analyzer cihazı kullanılarak sekanslamıştır. NCBI data bankası kullanılarak saptanan sekansın literatür analizi yapılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre 3 DNA fragmanının nükleotit dizisinin fitaz enzimi sekansı ile benzerlik göstermediği belirlenmiştir. Dolayısıyla dejenere primerler ile amplifikasyon sonucunda fitaz geni çoğaltılamamıştır. Ancak, bu yeni izolat literatür için önemlidir. Yeni izole edilen bu Bacillus megaterium EBD 9-1 suşu endüstriyel ölçekte fitaz üretimi büyük bir potansiyele sahip olabilir.
Yeni izolat bacillus subtilis e6-5 suşundan proteaz: üretim koşullarının optimizasyonu, kısmi saflaştırılması, karakterizasyonu ve deri endüstrisindeki potansiyel uygulamaları
(Bursa Uludağ Üniversitesi, 2020-08-18) Zeren, Behice; Demirkıran, Elif; Bursa Uludağ Üniversitesi/Fen Bilimleri Enstitüsü/Biyoloji Anabilim Dalı.; 0000-0003-1163-9793
Bu çalışmada, Bacillus subtilis E6-5 suşu proteaz kaynağı olarak kullanılmış ve farklı besi yerlerinde proteaz üretim kapasitesi açısından test edilmiştir. Proteaz üretimi için ortamın optimizasyonu besinsel ve fiziksel koşullar değiştirilerek elde edilmiştir. Maksimum proteaz üretimi, besi yeri bileşiminde, sükroz (karbon kaynağı), tripton (azot kaynağı) BaCl2 + CaCl2 (metal iyonları) kullanılarak elde edilmiştir. Maksimum proteaz üretimi için optimal fiziksel parametreler 35°C, pH 8.0, 150 rpm çalkalanma hızı, %4 inokülasyon miktarı, 72 saat inokülasyon yaşı olarak belirlenmiştir. Optimal besinsel ve fiziksel parametreler kombine edilerek elde edilen yeni modifiye ortamda proteaz üretiminde 5 kat bir artış sağlanmıştır. Saflaştırılmış proteazın optimal sıcaklık ve pH değeri sırasıyla 60°C ve 7.0 olarak belirlenmiştir. Termostabilite çalışmaları, enzimin termostabil olduğunu göstermiştir. Saflaştırılmış enzim Ca varlığında aktiftir. Enzim bir metalloproteinazdır. Enzimin Vmax ve Km kinetik değerleri sırasıyla 3333 U/mL ve 1 mM olarak saptanmıştır. Moleküler ağırlığı yaklaşık 51.5 kDa olarak belirlenmiştir. Enzimin -20°C'de 45 güne kadar stabilitesini korunduğu belirlenmiştir. Deriden kıl gidermede enzimatik işlem kimyasal işlemden daha efektif bulunmuştur. Histolojik analizler, proteazın derilerin kalitesini arttırdığını göstermiştir. Bacillus subtilis E6-5 suşu proteazı, deri endüstrisinde kullanım potansiyeline sahip olabilir.